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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ile | ||||||
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タイトル | H64A sperm whale myoglobin with a Fe-tolyl moiety | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / Bioorganometallic / Heme / Sigma-aryl / Hydrazine / Arylhydrazine / Phenylhydrazine / Iron-carbon / 3-methylphenylhydrazine / meta-tolylhydrazine / 4-chlorophenylhydrazine / para-chlorophenylhydrazine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
Model details | This stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale ...This stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale myoglobin ferric H64A and N-hydroxyamphetamine. | ||||||
データ登録者 | Wang, B. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2016 タイトル: Organometallic myoglobins: Formation of Fe-carbon bonds and distal pocket effects on aryl ligand conformations. 著者: Wang, B. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ile.cif.gz | 55.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ile.ent.gz | 37 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ile.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ile_validation.pdf.gz | 896.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ile_full_validation.pdf.gz | 900.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ile_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ile_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ile ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ile | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17298.094 Da / 分子数: 1 / 変異: H64A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02185 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-6CQ / [ | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | D123N CONFLICT EXISTS IN UNP ENTRY P02185 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 9 詳細: 100mM Tris-HCl pH 9.0, 1mM EDTA, 2.3M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月20日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 20927 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.865 / Net I/av σ(I): 35.269 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 180821 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2MBW 解像度: 1.77→39.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.755 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUE: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.75 Å2 / Biso mean: 21.593 Å2 / Biso min: 10.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→39.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.771→1.817 Å / Total num. of bins used: 20
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