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- PDB-5ikk: Structure of the histone deacetylase Clr3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ikk
タイトルStructure of the histone deacetylase Clr3
要素Histone deacetylase clr3
キーワードTRANSCRIPTION / hdac domain / alpha/beta hydrolase domain / dimer / alpha/beta sandwich / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


HSF1 activation / SHREC complex / HDACs deacetylate histones / SUMOylation of chromatin organization proteins / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / heterochromatin island / subtelomeric heterochromatin / mating-type region heterochromatin / rDNA heterochromatin / pericentric heterochromatin formation ...HSF1 activation / SHREC complex / HDACs deacetylate histones / SUMOylation of chromatin organization proteins / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / heterochromatin island / subtelomeric heterochromatin / mating-type region heterochromatin / rDNA heterochromatin / pericentric heterochromatin formation / rDNA heterochromatin formation / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / silent mating-type cassette heterochromatin formation / histone deacetylase activity / histone deacetylase complex / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / epigenetic regulation of gene expression / euchromatin / chromatin organization / chromatin / nucleolus / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase class II, yeast / Arb2 domain / Arb2-like domain / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain ...Histone deacetylase class II, yeast / Arb2 domain / Arb2-like domain / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / Histone deacetylase clr3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brugger, C. / Schalch, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationPP00P3_139137-1 スイス
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: SHREC Silences Heterochromatin via Distinct Remodeling and Deacetylation Modules.
著者: Job, G. / Brugger, C. / Xu, T. / Lowe, B.R. / Pfister, Y. / Qu, C. / Shanker, S. / Banos Sanz, J.I. / Partridge, J.F. / Schalch, T.
履歴
登録2016年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase clr3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,52013
ポリマ－73,8191
非ポリマー70212
水3,837213
1
A: Histone deacetylase clr3
ヘテロ分子

A: Histone deacetylase clr3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,04026
ポリマ－147,6372
非ポリマー1,40324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area10930 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area50970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.487, 187.259, 142.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone deacetylase clr3 / Cryptic loci regulator 3


分子量: 73818.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
遺伝子: clr3, SPBC800.03 / プラスミド: p728 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P56523, histone deacetylase

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非ポリマー , 7種, 225分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% Ethyleneglycol 10% PEG 8000 0.1M MOPS/HEPES 0.04M Sodium nitrate 0.04M Sodium monophosphate 0.04M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.815 Å / Num. obs: 31830 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VQW (HDAC4)

2vqw


解像度: 2.4→46.815 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1524 4.79 %
Rwork0.1868 --
obs0.1888 31826 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.815 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4705 0 34 213 4952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6466551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3921757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47750.3361270.27552440X-RAY DIFFRACTION90
2.4775-2.5660.27671380.25612740X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.66870.28141380.23822745X-RAY DIFFRACTION100
2.6687-2.79020.27961370.21932749X-RAY DIFFRACTION100
2.7902-2.93730.26061380.2142736X-RAY DIFFRACTION100
2.9373-3.12130.21651390.20212780X-RAY DIFFRACTION100
3.1213-3.36220.25541390.19242780X-RAY DIFFRACTION100
3.3622-3.70040.21141380.16692750X-RAY DIFFRACTION100
3.7004-4.23560.19411410.15762807X-RAY DIFFRACTION100
4.2356-5.33520.18651410.14172831X-RAY DIFFRACTION100
5.3352-46.82360.19491480.17162944X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4613-0.4452-0.35211.34360.07252.52690.2747-0.6336-0.02720.23560.0565-0.217-0.08720.323-0.08410.181-0.1439-0.11330.2709-0.01930.173613.024465.101-21.9546
22.2424-0.3123-0.90461.46120.25322.2357-0.02650.21660.0703-0.3122-0.055-0.34970.18110.35090.10.30430.02280.07930.23680.08020.296214.329317.9836-49.4468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 54 through 420)A54 - 420
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 421 through 680)A421 - 680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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