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- PDB-5ijs: Crystal structure of autotaxin with orthovanadate bound as a trig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijs
タイトルCrystal structure of autotaxin with orthovanadate bound as a trigonal bipyramidal intermediate analog
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE / LYSOPHOSPHATIDYLCHOLINE / SOMATOMEDIN / INFLAMMATION / METASTASIS / NEUROPATHIC PAIN / VASCULAR DEVELOPMENT / NEURAL DEVELOPMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase D activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to cadmium ion / regulation of cell migration / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / immune response / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. ...Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / His-Me finger superfamily / Factor Xa Inhibitor / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7alpha-hydroxycholesterol / IODIDE ION / Autotaxin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hausmann, J. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.
資金援助 オランダ, 3件
組織認可番号国
KWF オランダ
NWO オランダ
NWO723.013.003 オランダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural snapshots of the catalytic cycle of the phosphodiesterase Autotaxin.
著者: Hausmann, J. / Keune, W.J. / Hipgrave Ederveen, A.L. / van Zeijl, L. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年7月13日Group: Database references
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,95714
ポリマ－95,1521
非ポリマー1,80513
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area32530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.750, 63.450, 70.550
Angle α, β, γ (deg.)99.330, 105.910, 99.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 95151.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 166分子

#3: 化合物 ChemComp-5JK / 7alpha-hydroxycholesterol / (3beta,7alpha,9beta,14beta)-cholest-5-ene-3,7-diol / 7α-ヒドロキシコレステロ-ル


分子量: 402.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein buffer: 4.5 mg/ml autotaxin, incubated with 1 mM orthovanadate, 20 mM hepes pH 7.4, 150 mM NaCl Crystallisation condition: 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4I, 0.4M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月1日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 39503 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 90.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
PDB-REDO精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dlt

5dlt


解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Matrix type: sparse / SU B: 18.451 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.232
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED Zinc and Iodine atoms have anisotropic residual B-factors
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 2000 5.1 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2043 37463 90.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.5 Å2 / Biso mean: 42.948 Å2 / Biso min: 16.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å21.84 Å2-0.24 Å2
2---0.47 Å20.89 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6337 0 68 154 6559
Biso mean--41.81 38.6 -
残基数----784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.9658965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894313958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.065781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90923.175315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.971151082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9831548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9622.4133133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9572.4123132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1433.6123911
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded45.77558
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.2-2.2570.3251500.3242768324589.9230.315
2.257-2.3190.3471490.2992712315990.5670.287
2.319-2.3860.3191340.2782627307189.9060.264
2.386-2.4590.2761240.2752533297189.4310.261
2.459-2.540.2921230.2472496293689.2030.23
2.54-2.6290.2711470.2382277278087.1940.219
2.629-2.7280.2491090.2312272267688.9760.211
2.728-2.8390.2531130.2122171260487.7110.193
2.839-2.9650.2911070.2182090247788.6960.2
2.965-3.110.281990.1882076237191.7330.174
3.11-3.2770.1841070.1761975226691.880.168
3.277-3.4760.2481020.1691835214390.3870.162
3.476-3.7150.188890.1651752203690.4220.164
3.715-4.0120.199830.1641601185890.6350.164
4.012-4.3930.188890.1541453171390.0180.16
4.393-4.9090.194940.1531344156591.8850.163
4.909-5.6630.244690.1971190137491.630.21
5.663-6.9230.295510.2171040116793.4880.227
6.923-9.7370.169460.18180089994.1050.197
9.737-66.2050.22150.21445150692.0950.239
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53960.1824-0.39560.7454-0.15621.36990.06220.04510.046-0.0020.0325-0.045-0.14310.0859-0.09470.123-0.11380.08970.1265-0.08230.068315.24680.307529.1884
21.8320.01210.0370.97-0.03951.81810.07640.0075-0.46740.0813-0.04960.06770.3578-0.2055-0.02680.2046-0.140.07310.0995-0.07290.1895-7.6402-31.64541.5318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A56 - 540
2X-RAY DIFFRACTION1A1860 - 1864
3X-RAY DIFFRACTION1A1866 - 1868
4X-RAY DIFFRACTION2A541 - 859
5X-RAY DIFFRACTION2A1865
6X-RAY DIFFRACTION2A1869 - 1891

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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