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万見
- PDB-5ijp: Crystal structure of the SPX domain of Chaetomium thermophilum Vt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijp
タイトルCrystal structure of the SPX domain of Chaetomium thermophilum Vtc4 in complex with inositol hexakisphosphate (InsP6).
要素Putative uncharacterized protein
キーワードinositol phosphate binding protein / helical bundle / alpha-helical hairpin / protein-protein interaction / structural protein
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar transporter chaperone complex / vacuole fusion, non-autophagic / microautophagy / polyphosphate metabolic process / vacuolar transport / fungal-type vacuole membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF202 / VTC domain / VTC domain superfamily / : / Domain of unknown function (DUF202) / VTC domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / SPX domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wild, R. / Hothorn, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Rresearch Council310856 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Control of eukaryotic phosphate homeostasis by inositol polyphosphate sensor domains.
著者: Wild, R. / Gerasimaite, R. / Jung, J.Y. / Truffault, V. / Pavlovic, I. / Schmidt, A. / Saiardi, A. / Jessen, H.J. / Poirier, Y. / Hothorn, M. / Mayer, A.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 2.02020年10月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3223
ポリマ－23,6031
非ポリマー7192
水724
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.200, 74.200, 74.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 23602.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0057210 / プラスミド: pMH-HC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0SCH1
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 13% PEG 3350, 6% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 6115 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 82.4 % / Biso Wilson estimate: 82.89 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 86 % / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IIG

5iig


解像度: 2.75→48.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8848 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9274 / SU R Cruickshank DPI: 1.709 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.218 / SU Rfree Blow DPI: 0.324 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.335
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 296 4.84 %RANDOM
Rwork0.2426 ---
obs0.2429 6111 99.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 90.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.88 Å20 Å20 Å2
2---17.88 Å20 Å2
3---35.7599 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1428 0 40 4 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0071493HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.842020HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d537SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes208HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1493HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.84
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion184SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1625SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→3.07 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 83 4.81 %
Rwork0.2682 1641 -
all0.2693 1724 -
obs--99.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.0596 Å / Origin y: -9.4419 Å / Origin z: -8.3329 Å
111213212223313233
T-0.186 Å20.0295 Å2-0.0135 Å2--0.1195 Å2-0.0559 Å2---0.1767 Å2
L0.5539 °20.3016 °2-0.2552 °2-2.3067 °2-1.8315 °2--6.0713 °2
S-0.0081 Å °0.0767 Å °-0.0662 Å °0.0343 Å °-0.1421 Å °-0.1725 Å °-0.3138 Å °-0.0148 Å °0.1502 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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