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- PDB-5iiw: Corkscrew assembly of SOD1 residues 28-38 without potassium iodide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iiw
タイトルCorkscrew assembly of SOD1 residues 28-38 without potassium iodide
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードUNKNOWN FUNCTION / amyloid-related oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to ATP / superoxide dismutase activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / cellular response to cadmium ion / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / placenta development / response to amphetamine / thymus development / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
Model detailsamyloid-related oligomer
データ登録者Sangwan, S. / Zhao, A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG029430 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Atomic structure of a toxic, oligomeric segment of SOD1 linked to amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
著者: Sangwan, S. / Zhao, A. / Adams, K.L. / Jayson, C.K. / Sawaya, M.R. / Guenther, E.L. / Pan, A.C. / Ngo, J. / Moore, D.M. / Soriaga, A.B. / Do, T.D. / Goldschmidt, L. / Nelson, R. / Bowers, M.T. ...著者: Sangwan, S. / Zhao, A. / Adams, K.L. / Jayson, C.K. / Sawaya, M.R. / Guenther, E.L. / Pan, A.C. / Ngo, J. / Moore, D.M. / Soriaga, A.B. / Do, T.D. / Goldschmidt, L. / Nelson, R. / Bowers, M.T. / Koehler, C.M. / Shaw, D.E. / Novitch, B.G. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7408
ポリマ－9,7408
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.890, 43.230, 70.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Author states that the biological assembly is variable beta-sheet according to gel filtration. Asymmetric unit is one way of representing the variable biological assembly.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 1217.523 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP Residues 29-39 / 変異: P29K / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: reservoir contained 13% PEG 6000, 0.2M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.49 Å / Num. obs: 6691 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 30.33 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.34
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.155.230.5933.13197.7
2.15-2.320.3984.48198.4
2.32-2.540.3175.5197.1
2.54-2.830.2048.8197.3
2.83-3.260.13512.52196.6
3.26-3.960.08817.69199.3
3.96-5.470.06620.44199.3
5.47-35.490.0516.66196.3

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→35.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9272 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9543 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.167
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 336 5.02 %RANDOM
Rwork0.2394 ---
obs0.2401 6690 97.79 %-
原子変位パラメータBiso max: 96.39 Å2 / Biso mean: 34.9 Å2 / Biso min: 18.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7249 Å20 Å20 Å2
2--5.8236 Å20 Å2
3----4.0986 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.256 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→35.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数688 0 0 34 722
Biso mean---46.35 -
残基数----88
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d248SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes8HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes88HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it696HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion80SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact923SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d696HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg920HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.23
LS精密化 シェル解像度: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 93 4.99 %
Rwork0.2043 1769 -
all0.2051 1862 -
obs--97.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.3142 Å / Origin y: 16.9063 Å / Origin z: 31.6219 Å
111213212223313233
T0.0281 Å2-0.0011 Å2-0.0236 Å2-0.0525 Å2-0.0038 Å2---0.1844 Å2
L0.6049 °2-0.0913 °2-1.8857 °2-0.4556 °2-0.4244 °2--6.055 °2
S0.0373 Å °-0.0516 Å °0.037 Å °0.0213 Å °-0.0155 Å °0.007 Å °0.042 Å °0.0243 Å °-0.0219 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A28 - 38
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B28 - 38
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C28 - 38
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }D28 - 38
5X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }E28 - 38
6X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }F28 - 38
7X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }G28 - 38
8X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }H28 - 38
9X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }I1 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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