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万見
- PDB-5iir: NMR Structures Show Unwinding of the GCN4p Coiled Coil Superhelix... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iir
タイトルNMR Structures Show Unwinding of the GCN4p Coiled Coil Superhelix Accompanying Disruption of Ion Pairs at Acidic pH
要素General control protein GCN4
キーワードTRANSCRIPTION / Supercoil parameters / leucine zipper / salt bridge / closely related NMR structures / conformational transition / electrostatics / knobs-into-holes / canonical alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Brady, M.R. / Kaplan, A.R. / Alexandrescu, A.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Structures of GCN4p Are Largely Conserved When Ion Pairs Are Disrupted at Acidic pH but Show a Relaxation of the Coiled Coil Superhelix.
著者: Kaplan, A.R. / Brady, M.R. / Maciejewski, M.W. / Kammerer, R.A. / Alexandrescu, A.T.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General control protein GCN4
B: General control protein GCN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6712
ポリマ－7,6712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1600 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 350structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein


分子量: 3835.406 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 250-280 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9, YEL009C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D 1H-13C NOESY
151isotropic13D HNCO
262isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic12D 15N NOESY
383isotropic23D IF 1H-13CNOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GCN4p, 90% H2O/10% D2O13C, 15N90% H2O/10% D2O
solution21.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GCN4p, 100% D2O13C, 15N100% D2O
solution31.5 mM 66% - 13C 33% - 12C GCN4p, 100% D2O13C/12C100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMGCN4p[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.5 mMGCN4p[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.5 mMGCN4p66% - 13C 33% - 12C3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)詳細
120 mM14.41 atm298 K
220 mM24.61 atm283 K
320 mM34.41 atm298 Ksample consists of a mixed dimer where 66% is 13C labelled monomers and 33% is natural abundance (12C) monomers.

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Varian INOVAVarianINOVA6001cryogenic probe
Varian VNMRSVarianVNMRS8002cryogenic probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.解析
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 350 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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