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- PDB-5ihw: The crystal structure of SdrE from staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihw
タイトルThe crystal structure of SdrE from staphylococcus aureus
要素Serine-aspartate repeat-containing protein E
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SdrE / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 ...SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 / YSIRK type signal peptide / Adhesion domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine-aspartate repeat-containing protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Zhang, S. / Wei, J. / Wu, S. / Zhang, X. / Luo, M. / Wang, D.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81301395 中国
Chongqing Natural Science Foundationcstc2015jcyjA10003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of SdrE from staphylococcus aureus
著者: Zhang, S. / Wei, J. / Wu, S. / Zhang, X. / Luo, M. / Wang, D.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-aspartate repeat-containing protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1861
ポリマ－35,1861
非ポリマー00
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.260, 41.560, 51.140
Angle α, β, γ (deg.)95.590, 97.550, 99.550
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serine-aspartate repeat-containing protein E


分子量: 35185.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 273-586 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain MSSA476) (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: sdrE, SAS0521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GBS4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2mol/L CaCl2, 35% PEG 3350, 0.1mol/L, Bis-Tris pH 6.6
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9782 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50.32 Å / Num. obs: 75580 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 8.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CF3

5cf3


解像度: 1.25→50.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.343 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.046
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1764 2416 3.2 %RANDOM
Rwork0.1433 ---
obs0.1444 73166 87.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.52 Å2 / Biso mean: 17.096 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.13 Å20.34 Å2
2---0.55 Å2-0.36 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→50.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 0 319 2795
Biso mean---25.55 -
残基数----314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.022529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2631.953432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95735402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4945315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.39526.88125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70715448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.121153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2211.3561260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2021.3541259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6512.0481575
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.90834861
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.636566
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.22655073
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 197 -
Rwork0.173 5392 -
all-5589 -
obs--86.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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