PDB-5ihu: Crystal structure of bovine Fab B11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ihu

タイトル

Crystal structure of bovine Fab B11

要素

bovine Fab B11 heavy chain
bovine Fab B11 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fab ultralong CDRH3

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Stanfield, R. / Wilson, I.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2016
タイトル: Conservation and diversity in the ultralong third heavy-chain complementarity-determining region of bovine antibodies.
著者: Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Smider, V.V.

履歴

登録	2016年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ihu.cif.gz	273 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ihu.ent.gz	225.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ihu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ihu_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ihu_full_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示
XML形式データ	5ihu_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	5ihu_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ihu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ihu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e99C 5ijvC 5iltC 4k3dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e99-d 5ilt-d 6e9i-2 6oo0-d 4k3e-1 6sne-3 6sne-1 5tdy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: bovine Fab B11 light chain

H: bovine Fab B11 heavy chain

51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.410, 71.460, 88.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	bovine Fab B11 light chain 分子量: 22548.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3T101*PLUS
#2: 抗体	bovine Fab B11 heavy chain 分子量: 28591.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5% PEG 3000 30% PEG 400 10% glycerol 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→38.9 Å / Num. obs: 28518 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 45.1 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K3D

4k3d

解像度: 2.06→38.89 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	2372	8.32 %
R_work	0.1941	-	-
obs	0.1975	28505	94.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→38.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3556	0	0	55	3611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.85	4964
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.99	1279
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0603-2.1023	0.4304	138	0.4257	1462	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1023-2.1481	0.3125	142	0.3075	1561	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1481-2.198	0.3193	140	0.2731	1598	X-RAY DIFFRACTION	99
2.198-2.253	0.3202	115	0.3073	1366	X-RAY DIFFRACTION	92
2.253-2.3139	0.2565	96	0.2639	1024	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3139-2.382	0.308	147	0.2548	1585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.382-2.4588	0.3229	149	0.2459	1586	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4588-2.5467	0.3567	140	0.2617	1541	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5467-2.6487	0.2992	141	0.251	1567	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6487-2.7692	0.2481	149	0.2351	1601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7692-2.9151	0.2755	146	0.2222	1603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9151-3.0977	0.2712	142	0.2191	1595	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0977-3.3367	0.2292	148	0.2035	1611	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3367-3.6723	0.268	139	0.1878	1576	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6723-4.2032	0.2146	143	0.1673	1603	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2032-5.2934	0.1506	150	0.1374	1624	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2934-38.8972	0.2132	147	0.1627	1630	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8143	-0.3407	0.1952	8.7156	0.0766	5.794	-0.1956	-0.3566	-0.5516	0.8221	0.0827	0.5354	0.3176	-0.3555	0.1013	0.4652	0.0547	0.0688	0.5671	0.104	0.5781	2.1383	-38.927	31.4928
2	3.9104	0.1547	2.5203	0.374	1.0115	4.6591	0.2069	-0.4728	-0.2142	-0.0654	-0.139	-0.2587	0.3269	-0.6803	-0.124	0.3815	-0.0556	0.036	0.3701	0.0179	0.482	-15.1501	-40.6348	2.3064
3	3.4039	0.7831	0.5095	9.4447	0.5147	6.0162	0.178	0.1036	-0.2284	0.244	-0.3361	-1.0439	0.1264	0.2179	0.1909	0.2513	-0.0062	-0.008	0.2591	0.027	0.5509	-12.4909	-42.0543	-4.4291
4	3.4905	0.177	2.723	6.084	-0.5748	5.6829	-0.0794	-0.4368	0.0843	0.8746	0.1298	0.3284	-0.597	-0.411	-0.0255	0.4732	0.0954	0.073	0.52	-0.0212	0.2717	-0.2587	-17.3728	26.5458
5	5.175	-3.3966	2.4923	5.0277	-3.0898	6.5682	-0.9447	-0.2163	1.0735	1.0487	-0.0983	0.1014	-1.7087	0.2574	1.0573	1.5858	0.0194	-0.233	0.9118	0.0462	0.9946	21.0648	-33.3006	58.5048
6	3.8981	1.5172	2.8005	2.0076	1.7308	4.9172	0.0981	-0.0822	-0.0939	0.1656	0.0387	0.2887	0.5685	-0.0321	-0.0918	0.3565	0.0885	0.1034	0.253	0.0237	0.3949	-12.8294	-28.7967	9.8775
7	7.3379	-0.2298	-0.4536	6.479	0.5561	4.6031	-0.2366	-0.2443	-0.5135	0.4039	-0.0653	0.7847	0.4058	-0.152	0.2447	0.347	-0.0065	0.0416	0.2727	0.0864	0.367	-21.282	-29.2156	5.337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 3 through 102 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 103 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 129 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 101 through 149 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 150 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 201 through 270 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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