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- PDB-5ihd: Calcium(II) and copper(II) bound to the Z-DNA form of d(CGCGCG), ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihd
タイトルCalcium(II) and copper(II) bound to the Z-DNA form of d(CGCGCG), complexed by L-lactate and succinate
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Z-DNA / copper(II)
機能・相同性(2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / COPPER (II) ION / SUCCINIC ACID / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Rohner, M. / Medina-Molner, A. / Spingler, B.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation200220-100752 スイス
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2016
タイトル: N,N,O and N,O,N Meridional cis Coordination of Two Guanines to Copper(II) by d(CGCGCG)2.
著者: Rohner, M. / Medina-Molner, A. / Spingler, B.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年6月29日ID: 4XQY
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,87313
ポリマ－7,2414
非ポリマー6339
水2,396133
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0318
ポリマ－3,6202
非ポリマー4116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area2550 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8425
ポリマ－3,6202
非ポリマー2223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area2440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.487, 35.576, 31.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 142分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-2OP / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 1.2 mM d(CG)3, 1.2 mM di copper complex, 0.25 M MES pH 6, 25 mM Ca(lactate)2, 2.5% EtOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 183 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Long fine focus / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: STOE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月7日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→26.215 Å / Num. obs: 7934 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 16.51
反射 シェル解像度: 1.57→1.7 Å / 冗長度: 2.96 % / Rmerge(I) obs: 0.1736 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1834精密化
X-Areaデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DCG

2dcg


解像度: 1.57→26.215 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 408 5.14 %
Rwork0.1605 --
obs0.162 7934 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→26.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 26 133 639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.048873
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.428244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5701-1.79720.20771250.17362391X-RAY DIFFRACTION94
1.7972-2.26410.21991370.17032564X-RAY DIFFRACTION100
2.2641-26.21850.17181460.15182571X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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