PDB-5ihb: Structure of the immune receptor CD33

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ihb

タイトル

Structure of the immune receptor CD33

要素

Myeloid cell surface antigen CD33

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immune receptor / Siglec / Ig-like / sialic-acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response-inhibiting signal transduction / protein tyrosine phosphatase activator activity / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / negative regulation of interleukin-8 production / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / specific granule membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Dodd, R.B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ligand bound CD33 receptor associated with Alzheimer's disease
著者: Dodd, R.B. / Meadows, W. / Qamar, S. / Johnson, C.M. / Kronenberg-Versteeg, D. / St George-Hyslop, P.

履歴

登録	2016年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ihb.cif.gz	493.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ihb.ent.gz	420.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ihb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ihb_validation.pdf.gz	478 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ihb_full_validation.pdf.gz	482.4 KB	表示
XML形式データ	5ihb_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	5ihb_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ihb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ihb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2zg2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5j0b-1 5j06-1 2kdf-d 1t6s-3 3qu3-d 4j8t-d 4gc8-d 6o2b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Myeloid cell surface antigen CD33

B: Myeloid cell surface antigen CD33

C: Myeloid cell surface antigen CD33

D: Myeloid cell surface antigen CD33

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Myeloid cell surface antigen CD33

D: Myeloid cell surface antigen CD33

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Myeloid cell surface antigen CD33

ヘテロ分子

B: Myeloid cell surface antigen CD33

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.960, 127.040, 143.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Myeloid cell surface antigen CD33 / Sialic acid-binding Ig-like lectin 3 / Siglec-3 / gp67

分子量: 25052.139 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD33, SIGLEC3 / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20138

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2% PEG 20,000, 4% PEG MME 500, 100 mM Bicine/Tris base pH 8.5, 1xMorpheus amino acids

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→62.32 Å / Num. obs: 56518 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 48.3786782344 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0696 / Net I/σ(I): 11.92
反射シェル	解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2313)	精密化
xia2		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Model derived from 2ZG2 by Sculptor

2zg2

解像度: 2.24→62.32 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.78 / 位相誤差: 24.72

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2358	2792	4.94 %	RANDOM
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.2003	56515	97.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→62.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6639	0	168	232	7039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779	9583
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.739	4172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1234

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.2786 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3483	121	4.56 %
R_work	0.3088	2652	-
obs	-	-	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5166	-0.4295	-0.245	0.66	0.4399	2.063	0.1814	0.3508	0.0552	-0.0306	0.095	0.0724	-0.0251	-0.1904	-0.159	0.372	-0.0043	0.0084	0.4568	0.0443	0.3982	43.6547	103.2078	55.2625
2	2.9009	0.8782	0.1568	2.2192	-0.6353	2.9203	0.1997	0.3614	0.2589	0.0449	-0.2067	-0.0861	0.0348	0.3437	0.0313	0.3429	-0.0021	0.031	0.4932	-0.0171	0.4157	55.3643	102.4229	53.8423
3	4.8178	0.2591	-1.4619	3.0107	-0.7789	6.0497	-0.1241	-0.5263	-0.6388	0.0947	-0.0272	-0.6028	0.4534	1.2249	0.0923	0.5007	0.0879	-0.0376	0.5838	0.0005	0.5542	57.8387	97.6573	62.8226
4	2.2635	-0.2866	0.346	2.1724	-0.4488	6.0525	0.0961	0.1185	-0.1253	0.1447	0.0227	-0.1604	0.6641	0.2541	-0.1143	0.378	0.0175	0.0191	0.4563	-0.007	0.4955	48.1964	98.7853	62.9163
5	1.6519	0.0921	-0.553	1.131	0.2926	3.8914	0.083	0.4526	0.1564	-0.2063	0.0903	-0.0302	-0.1909	0.3334	-0.1284	0.3364	0.011	0.0209	0.5309	-0.0072	0.4603	51.5997	105.4198	50.4231
6	1.6337	-0.4623	0.2445	1.7228	-1.2778	2.2786	0.099	-0.3177	0.0041	0.4003	0.1804	0.2293	-0.324	-0.4342	-0.1882	0.3579	-0.0309	-0.0138	0.4949	-0.049	0.4436	40.1814	91.2859	81.2577
7	3.2152	-0.3244	-0.9456	2.2231	-0.0829	2.5972	0.1201	-0.586	-0.1298	0.1269	-0.0115	0.0378	-0.1574	0.0354	-0.1053	0.4056	-0.0698	-0.0323	0.5079	0.0192	0.3751	44.1627	84.9219	90.0731
8	1.7422	1.9409	1.8403	4.3543	2.703	2.5953	0.133	-0.2663	0.0656	0.1513	-0.2382	0.0112	0.0499	-0.3578	0.0392	0.4613	-0.0746	-0.0333	0.3592	0.0197	0.5184	38.7598	58.4818	68.9239
9	1.6152	0.8275	0.7588	2.9459	1.4078	1.942	-0.0434	0.1888	0.3159	-0.3266	-0.2364	0.1393	-0.4229	-0.1636	0.2576	0.387	-0.0662	-0.0536	0.4	0.062	0.4511	35.5439	54.5831	59.4579
10	4.7911	0.6387	0.6109	2.3052	-0.2209	2.1982	0.0415	0.4574	-0.4936	0.1566	0.0734	-0.1702	0.3078	0.1366	-0.0795	0.4657	-0.0133	0.0293	0.3966	-0.1169	0.4378	27.6099	25.1509	48.4134
11	2.3208	-0.4396	0.2391	2.4439	0.432	2.3338	-0.0539	0.5445	-0.299	0.2758	-0.226	0.1199	0.5198	0.1859	0.3275	0.4372	0.0501	0.0272	0.5258	-0.1042	0.4379	44.5597	25.5429	54.9595
12	3.7091	0.2619	0.3441	2.9465	-0.3685	3.5712	0.0871	0.1809	-0.1915	-0.2851	-0.0997	-0.5174	0.3211	0.9364	0.046	0.5378	0.0652	0.0177	0.7455	-0.0819	0.6223	57.5523	24.0496	55.1679
13	4.5187	-0.6868	2.3075	2.9479	2.3378	6.291	-0.0192	0.4206	-0.1099	1.123	0.3858	-0.7845	0.8373	1.2036	-0.0799	0.6244	0.096	-0.1534	0.6581	-0.0501	0.6496	54.7099	26.6609	65.1958
14	2.0956	-0.1411	-0.2832	2.7479	1.7476	3.7504	-0.1022	0.3612	-0.1382	0.392	0.2696	-0.4622	0.4124	0.6322	-0.1311	0.4618	0.0324	-0.0235	0.5235	-0.0715	0.5082	50.9328	26.6567	57.0396
15	1.2728	0.1179	0.5123	1.9668	-0.3028	5.6049	-0.1075	0.1663	0.0013	-0.1082	-0.0886	-0.1097	-1.3562	0.0064	0.2196	0.3696	0.0226	-0.0518	0.4432	0.0143	0.5106	43.8376	37.4916	69.1371
16	3.4929	-0.9841	0.9524	3.7908	-0.3547	3.1334	0.0058	-0.5447	0.2276	0.0008	0.0933	0.1563	-0.2988	-0.4767	-0.1089	0.4091	0.0802	-0.0328	0.4621	-0.0863	0.3884	43.7225	36.98	93.6204
17	3.5176	0.4541	-0.938	1.9183	-0.6207	3.9523	0.0196	0.7215	-0.1164	-0.9204	0.2108	-0.4012	0.1808	0.4014	-0.2074	0.9568	-0.0921	0.1999	0.7148	-0.1531	0.7933	70.213	74.107	55.3183
18	2.197	0.2808	-0.9049	1.6862	0.6905	3.4293	0.0016	-0.3485	-0.3847	-0.2103	0.0431	-0.2622	-0.0494	0.2143	-0.0238	0.3764	-0.0552	-0.0297	0.3742	0.0227	0.4807	62.2025	78.1783	81.3167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 128 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 129 through 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 232 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 19 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 149 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 150 through 232 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 21 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 52 through 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 84 through 95 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 96 through 128 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 129 through 149 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 150 through 232 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 23 through 102 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 103 through 231 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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