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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ih6 | ||||||
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タイトル | Human Casein Kinase 1 isoform delta (kinase domain) in complex with Epiblastin A derivative | ||||||
要素 | Casein kinase I isoform delta | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase domain (キナーゼ) / stem cell reprogramming / kinase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spindle assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / ciliary basal body / circadian regulation of gene expression / spindle microtubule / regulation of circadian rhythm / Wntシグナル経路 / spindle / エンドサイトーシス / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ursu, A. / Illich, D.J. / Takemoto, Y. / Porfetye, A.T. / Zhang, M. / Brockmeyer, A. / Janning, P. / Watanabe, N. / Osada, H. / Vetter, I.R. ...Ursu, A. / Illich, D.J. / Takemoto, Y. / Porfetye, A.T. / Zhang, M. / Brockmeyer, A. / Janning, P. / Watanabe, N. / Osada, H. / Vetter, I.R. / Ziegler, S. / Schoeler, H.R. / Waldmann, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016 タイトル: Epiblastin A Induces Reprogramming of Epiblast Stem Cells Into Embryonic Stem Cells by Inhibition of Casein Kinase 1. 著者: Ursu, A. / Illich, D.J. / Takemoto, Y. / Porfetye, A.T. / Zhang, M. / Brockmeyer, A. / Janning, P. / Watanabe, N. / Osada, H. / Vetter, I.R. / Ziegler, S. / Scholer, H.R. / Waldmann, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ih6.cif.gz | 74.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ih6.ent.gz | 55.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ih6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34206.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal cloning artifact: GP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase |
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-非ポリマー , 5種, 27分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SRT / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-AUG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Li2SO4, 0.7 - 0.8 M Na-K tartrate, 0.1 M CHES / PH範囲: 9.3-9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.76995 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.76995 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→37.8 Å / Num. obs: 17269 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 62.054 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.126 / Net I/σ(I): 12.49 / Num. measured all: 243801 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IH4 解像度: 2.3→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 15.112 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 218.68 Å2 / Biso mean: 89.694 Å2 / Biso min: 35.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→37.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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