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Yorodumi- PDB-5igq: WD40 domain of Human E3 Ubiquitin Ligase COP1 (RFWD2) bound to pe... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5igq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | WD40 domain of Human E3 Ubiquitin Ligase COP1 (RFWD2) bound to peptide from Trib1 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | Hydrolase/Peptide / WD40 domain E3 ligase / Tribbles / Hydrolase-Peptide Complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationubiquitin-protein transferase regulator activity / positive regulation of eosinophil differentiation / regulation of MAP kinase activity / negative regulation of neutrophil differentiation / negative regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of macrophage differentiation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / NGF-stimulated transcription / mitogen-activated protein kinase kinase binding / negative regulation of JNK cascade ...ubiquitin-protein transferase regulator activity / positive regulation of eosinophil differentiation / regulation of MAP kinase activity / negative regulation of neutrophil differentiation / negative regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of macrophage differentiation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / NGF-stimulated transcription / mitogen-activated protein kinase kinase binding / negative regulation of JNK cascade / response to ionizing radiation / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / protein kinase inhibitor activity / transcription regulator inhibitor activity / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / response to lipopolysaccharide / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nuclear speck / protein ubiquitination / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.9 Å | ||||||
Authors | Uljon, S. / Blacklow, S.C. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2016Title: Structural Basis for Substrate Selectivity of the E3 Ligase COP1. Authors: Uljon, S. / Xu, X. / Durzynska, I. / Stein, S. / Adelmant, G. / Marto, J.A. / Pear, W.S. / Blacklow, S.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5igq.cif.gz | 802.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5igq.ent.gz | 679.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5igq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5igq_validation.pdf.gz | 505.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5igq_full_validation.pdf.gz | 520 KB | Display | |
| Data in XML | 5igq_validation.xml.gz | 66.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5igq_validation.cif.gz | 88 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5hqgSC ![]() 5igoC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 39932.883 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RFWD2, COP1, RNF200 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper)References: UniProt: Q8NHY2, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) #2: Protein/peptide | | Mass: 1322.331 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 188-198 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q96RU8#3: Protein/peptide | Mass: 950.001 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 188-195 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q96RU8 |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.59 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 20% glycerol, 5% PEG 5000 MME |
-Data collection
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
|---|---|
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.9→29.766 Å / Num. obs: 35006 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06869 / Net I/σ(I): 8 |
| Reflection shell | Resolution: 3.9→4.039 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7334 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5HQG Resolution: 3.9→29.766 Å / SU ML: 0.58 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.44
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.9→29.766 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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