PDB-5ifi: CRYSTAL STRUCTURE OF ACETYL-COA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH ADENOS...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 5ifi

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ACETYL-COA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS H99

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / BERYLLIUM / SYNTHETASE / ACS1 / PRX / PROPYL-AMP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Cryptococcus neoformans H99
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Potts, K.T. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Numa, M.M.

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ifi.cif.gz	751.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ifi.ent.gz	616 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ifi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ifi_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ifi_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5ifi_validation.xml.gz	74.3 KB	表示
CIF形式データ	5ifi_validation.cif.gz	107.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ry2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nak-2 7c75-d 1mhl-2 6lf7-d 1ry2-d 3s4f-d 6a4y-d 6kmk-d 3f9p-2 7dn6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CRNEC.00629.A

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

235 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.460, 185.550, 84.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: PEMB7013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-PRX / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE / 5′-アデニル酸プロピル分子量: 389.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₅O₇P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ...詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ADENOSINE-5'- PROPYLPHOSPHATE AND COA WERE ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION AND INCUBATED FOR 5 MINUTES BEFORE SETTING UP TRIALS. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND IN WIZARD 1 AND 2 SCREEN CONDITION E8 (10% W/V PEG8,000, 0.1M NA/K PHOSPHATE PH6.2) AND CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTAL ID 269918E8 DIT9-1 APS 21-ID-F), PH 6.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH範囲: 6.2

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 1MM ...
PH範囲: 6.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 159980 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.96
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(DEV_2328: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RY2

1ry2

解像度: 1.95→41.84 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	8023	5.02 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.186	159842	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14105	0	170	969	15244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	20220
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.506	8642
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.144	2194
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2614

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2511	0.0342	0.2113	0.9262	0.1381	1.1476	0.1304	0.015	-0.1069	-0.3363	0.2625	0.5732	0.1061	-0.6293	-0.0761	0.1225	-0.0933	-0.0995	0.6031	0.2533	0.5981	-33.6083	6.9727	-16.1587
2	1.1019	-0.7232	0.4728	2.3643	-0.5716	1.0084	0.1096	0.1476	-0.0499	-0.3613	-0.029	0.0735	0.2489	0.1077	-0.1018	0.1859	0.0181	0.0095	0.262	-0.013	0.1575	-2.6446	-5.4534	-11.1736
3	1.2534	-0.5019	0.5557	1.6402	-0.6925	1.1827	0.1928	0.1851	-0.2024	-0.4961	0.0664	0.3823	0.4472	-0.0838	-0.1601	0.3152	-0.0276	-0.0934	0.2868	-0.0041	0.239	-13.5203	-7.8192	-18.2454
4	0.8151	0.2257	0.4109	2.1855	-0.675	1.2928	0.0335	0.0062	0.0201	-0.1798	0.0791	0.2739	0.0189	-0.1456	-0.0895	0.1302	0.0127	0.01	0.302	0.0457	0.2607	-17.4951	13.8927	-19.349
5	1.5096	0.2112	0.7015	2.1362	1.002	2.3028	0.0741	0.3989	-0.1062	-0.7878	0.1575	0.2204	0.1621	0.1806	-0.2112	0.6133	-0.0117	-0.1651	0.5178	0.0639	0.3815	-20.0479	7.9049	-41.9767
6	0.8674	-0.5495	0.0625	1.2134	0.7718	0.8214	-0.1118	-0.3068	-0.3086	1.0062	0.4939	0.2677	-0.1278	-0.2885	0.518	0.7191	0.1388	0.3351	0.3972	0.1547	0.3029	-0.2872	-30.4992	38.1783
7	0.4828	-0.5841	-0.0206	1.8885	-0.6109	0.9203	-0.1399	-0.0728	0.0853	0.544	0.1545	0.1064	-0.1461	-0.0691	0.0012	0.3366	0.079	0.0676	0.2519	-0.0061	0.1633	4.4607	-9.7789	21.3873
8	2.18	-0.4965	0.299	1.9084	-0.2572	1.1151	-0.1369	0.119	0.224	0.2672	-0.0229	-0.4912	-0.0325	0.2556	0.1391	0.2211	0.0136	-0.0694	0.2811	0.0342	0.2925	26.754	-9.2932	14.379
9	1.9128	0.4712	0.0384	1.4808	-1.0265	2.39	-0.1177	-0.0419	-0.083	0.3915	0.1614	0.0673	-0.0375	0.0238	0.0527	0.2246	0.0709	0.0705	0.1971	0.0064	0.1385	8.3654	-17.1254	16.5396
10	0.1518	0.017	0.3775	1.4611	-0.4766	1.2298	-0.247	-0.124	0.0857	1.0518	0.1063	-0.2763	-0.2729	0.0498	0.118	0.5951	0.0942	-0.0971	0.2812	0.0001	0.2054	18.42	-18.7249	32.2962
11	1.347	-0.0452	0.3196	1.4411	-0.0535	1.3505	-0.174	-0.3137	-0.1733	1.0921	0.1756	-0.2102	-0.2029	0.0422	0.0151	0.696	0.0842	-0.051	0.299	0.055	0.2639	17.9698	-31.8732	38.899
12	0.8613	-0.4929	0.6328	2.3176	-1.4136	2.2705	0.0162	-0.1181	-0.2094	0.0052	0.1673	0.4495	0.2506	-0.2528	-0.2091	0.2804	0.0096	0.0781	0.2254	0.0245	0.2649	1.7467	-30.6731	17.6869
13	2.6906	-0.5844	0.8784	5.1429	0.2649	1.8566	0.0486	0.0775	-0.2218	-0.0803	0.2311	0.1038	-0.1562	-0.0122	-0.1984	0.3596	-0.0055	0.0681	0.2398	0.0257	0.2438	10.3048	-45.1851	24.2368
14	3.6833	0.1226	0.945	5.7857	0.2757	3.0074	-0.0111	0.1122	-0.285	0.2878	0.1941	-0.6995	0.0267	0.1095	-0.3403	0.2959	0.0058	0.001	0.2262	-0.0449	0.3933	21.3881	-54.1813	28.4186
15	1.9964	0.7664	0.2613	1.5541	-1.0065	1.4657	-0.0448	0.5384	0.0273	-0.6411	0.2994	-0.8719	-1.0214	0.5704	-0.2538	0.8047	-0.2136	0.3092	0.5671	-0.1772	0.6686	24.4402	-45.9744	20.24
16	0.7189	0.2737	-0.402	0.5163	0.1703	0.5335	-0.3151	-0.6137	0.3834	0.9333	0.1379	-0.2064	-0.5855	-0.2293	0.1127	0.8568	0.1585	-0.2068	0.4478	-0.1661	0.3892	5.948	20.2383	25.0709
17	0.5589	-0.1371	0.0405	0.8524	0.0084	1.3283	-0.3327	0.2279	0.4819	0.2377	0.0132	-0.3582	-0.6816	-0.1145	0.2198	0.3788	0.045	-0.1587	0.2429	0.0317	0.4921	3.9451	30.9293	0.9624
18	1.2112	-0.3538	0.0357	0.2272	-0.0768	1.1852	-0.2225	0.3356	0.5397	0.2291	-0.1779	-0.5336	-0.3413	0.2586	0.2335	0.1849	-0.0804	-0.0991	0.3488	0.1934	0.5817	18.4778	21.8391	-5.2477
19	0.3284	0.2116	0.518	1.5153	-0.5645	1.4716	-0.3686	-0.1239	0.6655	0.6888	-0.0533	-0.4271	-0.6672	0.0713	0.2607	0.5674	0	-0.2765	0.2749	-0.0419	0.5899	13.3863	26.8567	12.6466
20	0.1031	0.1841	0.1061	0.8738	-0.2888	0.626	-0.2984	-0.0388	0.7856	0.6243	-0.1209	-0.2513	-1.0874	0.2223	0.0073	1.1346	-0.0408	-0.6509	0.0833	0.0618	1.2096	14.0866	46.3317	7.4546
21	0.4707	-0.0719	-0.2678	1.2585	0.3295	1.5845	-0.1266	-0.1925	0.7249	0.3267	-0.0982	-0.2853	-1.0605	0.0623	0.2168	1.2167	-0.0098	-0.5592	0.3747	-0.1952	1.0205	16.9617	39.9895	20.9378
22	1.1691	0.3053	-0.8114	1.4951	0.383	0.808	-0.3051	-0.5645	0.5606	0.4383	-0.0585	-0.3149	-0.6474	0.0614	0.1484	1.2569	0.0789	-0.5175	0.569	-0.2342	0.8539	21.072	31.0606	33.9102
23	1.1391	0.8002	0.2285	1.3678	-0.1181	0.128	-0.1764	-0.4327	0.4806	0.5641	-0.15	-0.4077	-0.632	0.1792	0.0496	0.7974	-0.0193	-0.4109	0.4241	-0.0596	0.6691	24.924	22.5628	25.9375
24	8.3073	0.1353	-5.1649	2.4564	2.5866	6.1163	0.2121	-0.0297	1.2212	-0.3881	0.182	-0.1496	-0.5729	0.1059	-0.2799	0.8009	0.1411	-0.0702	0.848	0.0061	1.1643	41.8974	31.5878	12.4425
25	5.5504	1.4808	1.131	3.9626	-0.2179	3.7704	-0.124	-0.0003	1.5615	-0.3875	0.1698	0.091	-0.0249	0.6238	-0.1303	0.6383	0.0737	0.0123	0.9034	0.1032	1.224	44.7251	35.4773	6.0089

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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