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- PDB-5iff: Crystal structure of R.PabI-nonspecific DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iff
タイトルCrystal structure of R.PabI-nonspecific DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*C)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE/DNA / Restriction enzyme / DNA glycosylase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性R.Pab1 restriction endonuclease / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, D. / Miyazono, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Tetrameric structure of the restriction DNA glycosylase R.PabI in complex with nonspecific double-stranded DNA.
著者: Wang, D. / Miyazono, K.I. / Tanokura, M.
履歴
登録2016年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6423
ポリマ－56,6423
非ポリマー00
水2,918162
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*C)-3')

A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2846
ポリマ－113,2846
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area13800 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area45190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.893, 261.716, 65.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-122-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / R.PabI


分子量: 25254.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 8-226 / 変異: R32A, E63A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2B6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 6133.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M imidazole (pH 8.0), 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.62 Å / Num. obs: 49388 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 36.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 28.5 / Num. measured all: 685056
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.9490.11752797131100.7760.411.247299.2
9.11-43.628.80.02831333580.9990.010.0371.268.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DVY

2dvy


解像度: 1.9→43.619 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 2444 4.96 %
Rwork0.2062 --
obs0.2083 49246 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.78 Å2 / Biso mean: 60.99 Å2 / Biso min: 25.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3475 407 0 162 4044
Biso mean---53.7 -
残基数----448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2965485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6851553
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.93880.341460.34072677282399
1.9388-1.9810.35991430.289927622905100
1.981-2.0270.32031370.27327432880100
2.027-2.07770.28411410.255527232864100
2.0777-2.13390.261230.244727382861100
2.1339-2.19670.28461500.235127382888100
2.1967-2.26760.27841590.240927412900100
2.2676-2.34860.26191420.24432726286899
2.3486-2.44270.22971320.229627542886100
2.4427-2.55380.28161270.237527582885100
2.5538-2.68840.31621460.246927652911100
2.6884-2.85690.27971570.245727362893100
2.8569-3.07740.24971470.228327842931100
3.0774-3.3870.24811440.20382766291099
3.387-3.87680.25741710.186927872958100
3.8768-4.88330.20391410.156428292970100
4.8833-43.63080.21131380.18542775291393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0343-0.78171.54323.4318-1.06245.68420.1361-0.02490-0.2787-0.03980.1019-0.0804-0.1987-0.09030.29010.05480.08430.3378-0.00590.2119-24.3926-57.61184.8182
21.2009-1.5456-0.05498.855-0.5088-0.0003-0.08050.19080.31020.00420.111-1.4604-0.3369-0.0095-0.03270.3722-0.05810.05860.44370.03430.5171-6.196-37.30210.5346
32.4694-0.29441.32042.0022-0.2716.07420.1339-0.01550.0926-0.1003-0.0061-0.0125-0.3063-0.1574-0.06260.26050.06530.09450.29760.00810.2016-21.2587-55.60477.692
43.61021.1896-1.26336.857-2.15725.79650.5346-0.20830.67290.4183-0.18460.4884-1.06530.1023-0.21240.6581-0.1070.13290.4165-0.02850.6061-19.9749-15.078619.4712
51.61810.0849-1.59855.943-0.34452.61320.20580.34020.1533-1.261-0.2513-0.481-0.2527-0.11150.01170.4122-0.03030.09110.4130.02260.449-7.9226-36.60735.0574
63.3798-2.6042-3.99083.27461.5046.79980.67130.0090.21560.2213-0.68880.0068-0.173-0.27430.10010.482-0.04270.05810.45340.09390.511-16.32-24.071113.6859
73.24471.0273-2.32235.4987-3.30413.97590.8191-0.42410.75210.1356-0.44170.2545-1.0780.2103-0.22720.6617-0.10580.11720.42550.00410.6774-19.2866-13.608817.0527
88.8836-0.4296-5.93412.86660.59843.93960.22220.14430.16460.65780.27860.04760.4307-0.0906-0.45240.6756-0.13410.03630.4579-0.05340.3236-35.9668-33.7432.0831
93.8912-3.43972.80357.8667-5.77424.2655-0.074-0.20590.2756-0.84490.5261-0.15150.1262-0.3003-0.44120.53490.04360.0470.5372-0.05090.2681-37.8119-34.18990.2916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 105 )A8 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 140 )A106 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 223 )A141 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 105 )B8 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 106 through 140 )B106 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 141 through 172 )B141 - 172
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 173 through 223 )B173 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 11 through 20 )C11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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