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万見
- PDB-5ies: Crystal structure of VRC01c-HuGL2 Fab from an HIV-1 naive donor i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ies
タイトルCrystal structure of VRC01c-HuGL2 Fab from an HIV-1 naive donor in complex with with a germline-targeting gp120 engineered outer domain eOD-GT8 at 2.16 A
要素
  • (VRC01cHuGL2 Fab ...) x 2
  • Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8
キーワードIMMUNE SYSTEM/ VIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / engineered outer domain (eOD) / germline targeting / CD4 binding site / VRC01-class naive human germline antibody / immune system / viral-protein complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex / IMMUNE SYSTEM- VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Sarkar, A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: HIV-1 broadly neutralizing antibody precursor B cells revealed by germline-targeting immunogen.
著者: Jardine, J.G. / Kulp, D.W. / Havenar-Daughton, C. / Sarkar, A. / Briney, B. / Sok, D. / Sesterhenn, F. / Ereno-Orbea, J. / Kalyuzhniy, O. / Deresa, I. / Hu, X. / Spencer, S. / Jones, M. / ...著者: Jardine, J.G. / Kulp, D.W. / Havenar-Daughton, C. / Sarkar, A. / Briney, B. / Sok, D. / Sesterhenn, F. / Ereno-Orbea, J. / Kalyuzhniy, O. / Deresa, I. / Hu, X. / Spencer, S. / Jones, M. / Georgeson, E. / Adachi, Y. / Kubitz, M. / deCamp, A.C. / Julien, J.P. / Wilson, I.A. / Burton, D.R. / Crotty, S. / Schief, W.R.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: VRC01cHuGL2 Fab heavy chain
L: VRC01cHuGL2 Fab light chain
C: Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0398
ポリマ－67,3203
非ポリマー7195
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.553, 138.604, 147.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 VRC01cHuGL2 Fab heavy chain


分子量: 23614.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFUSEss-CHIg-hG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 VRC01cHuGL2 Fab light chain


分子量: 23816.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFUSEss-CHIg-hG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C

#3: タンパク質 Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8


分子量: 19889.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 190分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.73 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M citric acid (pH 4.0), 20% (w/v) PEG6000 with an overall pH 5.0 of the solution, cryo-protected with 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1542→46.45 Å / Num. obs: 52709 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 48.7 Å2 / CC1/2: 0.902 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.16→2.1933 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000v706eデータ削減
HKL-2000v706eデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JPK

4jpk


解像度: 2.16→46.448 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 2606 4.96 %
Rwork0.1894 --
obs0.1906 52503 92.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→46.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4512 0 46 187 4745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7826438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9862865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.19930.25431380.25252539X-RAY DIFFRACTION91
2.1993-2.24160.25491450.24562712X-RAY DIFFRACTION96
2.2416-2.28730.29521300.23922679X-RAY DIFFRACTION96
2.2873-2.33710.24891410.22992712X-RAY DIFFRACTION96
2.3371-2.39140.27271380.23362680X-RAY DIFFRACTION96
2.3914-2.45120.26021540.22712657X-RAY DIFFRACTION95
2.4512-2.51750.26481320.22062708X-RAY DIFFRACTION95
2.5175-2.59160.29321450.22272650X-RAY DIFFRACTION95
2.5916-2.67520.25981370.21512658X-RAY DIFFRACTION94
2.6752-2.77080.24591310.21252594X-RAY DIFFRACTION91
2.7708-2.88180.25841240.21312499X-RAY DIFFRACTION89
2.8818-3.01290.25311460.19992675X-RAY DIFFRACTION94
3.0129-3.17170.2241410.20292662X-RAY DIFFRACTION94
3.1717-3.37040.23231480.19752624X-RAY DIFFRACTION93
3.3704-3.63050.22841330.19062624X-RAY DIFFRACTION92
3.6305-3.99570.20191310.17322574X-RAY DIFFRACTION90
3.9957-4.57340.15951310.15092505X-RAY DIFFRACTION87
4.5734-5.76030.14911320.15382600X-RAY DIFFRACTION89
5.7603-46.45880.22241290.19882545X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.82380.0146-0.20383.77010.6973.6469-0.1669-0.5698-0.26290.19860.0891-0.34060.22640.26440.07690.42980.17480.05520.57860.03540.4646-10.3424-44.5681-27.6916
26.138-3.3251-1.66844.8541.91692.5837-0.08930.07310.1386-0.02950.1623-0.46760.00940.4841-0.06990.3765-0.00860.03240.3592-0.03820.291-34.7561-12.8459-19.8505
35.64012.8188-2.36974.8921-1.91094.0988-0.1307-0.2943-0.3380.1109-0.05940.11510.3982-0.06530.16390.38210.01720.05210.3089-0.01770.3285-65.3212-21.8409-4.0278
44.0052-0.3726-1.28360.23750.04771.1163-0.02020.1967-0.3453-0.1249-0.05090.11950.15390.10830.08670.46980.06070.05180.4549-0.11740.4751-37.1142-34.2883-29.521
53.5512-0.6925-0.14615.85820.7483.6762-0.081-0.03890.08-0.0704-0.03950.6251-0.271-0.36050.12520.3272-0.0485-0.03330.3235-0.06360.377-70.0535-22.8551-18.8558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:169 OR RESID 1001:1002 ) )C1 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:169 OR RESID 1001:1002 ) )C1001 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 1:112 )L1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 113:212 )L113 - 212
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 1:118 )H1 - 118
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 119:214 )H119 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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