PDB-5idy: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5idy

タイトル

Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis in complex with NADP

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / NADP / Burkholderia vietnamiensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an oxidoreductase from Burkholderia vietnamiensis in complex with NADP
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5idy.cif.gz	221.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5idy.ent.gz	175.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5idy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5idwC 5idxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5idx-1 5va8-d 4h15-d 3vdq-d 2q2q-1 5o30-1 4imr-1 1f8s-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.720, 109.720, 111.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-609- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 27713.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア) 株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_2377 / プラスミド: BuviA.00010.k.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JGH3

#1: タンパク質

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

分子量: 27713.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア)
株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_2377 / プラスミド: BuviA.00010.k.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JGH3

-
非ポリマー , 5種, 572分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / Mosaicity: 0.28 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG1 C8 (269601c8): 200mM Ammonium sulfate, 100mM Sodium citrate-HCl pH5.6, 25% PEG4000, 4mM NAD; protein conc. 21.43mg/mL; 5mM NADP soak; 20% eg cryo; puck ukc9-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月18日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 58310 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.46 % / B_iso Wilson estimate: 21.17 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 28.38

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.9		14.81	0.486	6.12	1	100
1.9-1.95			0.395	7.56	1	100
1.95-2.01			0.323	9.09	1	100
2.01-2.07			0.234	12.33	1	100
2.07-2.14			0.205	14.03	1	100
2.14-2.21			0.17	16.68	1	100
2.21-2.29			0.136	20.65	1	100
2.29-2.39			0.117	23.35	1	100
2.39-2.49			0.099	27.05	1	100
2.49-2.62			0.087	30.1	1	100
2.62-2.76			0.078	33.65	1	100
2.76-2.93			0.065	39.11	1	100
2.93-3.13			0.057	44.28	1	100
3.13-3.38			0.049	49.96	1	100
3.38-3.7			0.043	54.46	1	100
3.7-4.14			0.039	59.12	1	100
4.14-4.78			0.035	63.72	1	100
4.78-5.85			0.032	62.54	1	100
5.85-8.27			0.028	64.06	1	100
	8.27		0.023	63.42	1	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2313	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IDX

5idx

解像度: 1.85→50 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	1956	3.35 %
R_work	0.1447	-	-
obs	0.1457	58306	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.48 Å² / B_iso mean: 28.0195 Å² / B_iso min: 11.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3780	0	125	565	4470
B_iso mean	-	-	27.37	38.48	-
残基数	-	-	-	-	526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	4059
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.572	5559
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.118	652
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	772
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.368	2462

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.85-1.8962	0.242	142	0.1861	3951	4093
1.8962-1.9475	0.2197	147	0.1609	3967	4114
1.9475-2.0048	0.2284	139	0.1568	3949	4088
2.0048-2.0695	0.1553	152	0.1462	3968	4120
2.0695-2.1435	0.1768	126	0.1532	3984	4110
2.1435-2.2293	0.2048	155	0.1399	3963	4118
2.2293-2.3308	0.1754	106	0.1349	4022	4128
2.3308-2.4536	0.1673	136	0.1392	3991	4127
2.4536-2.6074	0.184	152	0.1437	4003	4155
2.6074-2.8086	0.1919	153	0.1515	3998	4151
2.8086-3.0912	0.1718	146	0.1498	4037	4183
3.0912-3.5384	0.1715	109	0.145	4116	4225
3.5384-4.4574	0.1557	172	0.1266	4075	4247
4.4574-45.1635	0.1488	121	0.1489	4326	4447

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9562	0.3317	0.1646	2.2913	0.6572	2.1731	-0.0505	-0.2915	-0.2098	0.1338	-0.1057	-0.2832	0.12	0.1718	0.1366	0.126	0.0023	0.0045	0.169	0.0805	0.1869	19.7515	8.2198	26.573
2	2.6744	-1.3805	-1.1029	2.3598	0.952	1.7604	-0.0448	0.0749	0.2799	0.0065	0.0565	-0.3335	0.015	0.0551	-0.0169	0.141	-0.0195	-0.0121	0.1795	0.0509	0.2155	13.8472	18.6476	19.5692
3	1.6958	-1.3291	-0.9379	5.2325	2.7211	2.8409	-0.024	-0.0603	0.1957	0.0451	-0.0165	-0.0714	-0.0994	0.0302	0.018	0.0682	-0.0112	-0.0262	0.1709	0.0232	0.1303	3.2795	22.329	23.2195
4	1.2402	-0.4716	-0.4838	4.5371	2.0506	2.79	0.0025	0.246	-0.0194	-0.3647	-0.0783	0.0604	-0.0493	-0.193	0.0876	0.1277	-0.0238	0.0237	0.2079	0.009	0.1433	-1.7276	13.0334	17.2099
5	1.3899	-1.679	-1.1764	3.1541	2.2769	2.1596	0.2473	-0.9652	0.9761	0.8448	-0.0259	-0.6297	-0.5669	0.5183	-0.2154	0.5411	-0.1416	-0.0637	0.5831	-0.1383	0.4235	9.2924	18.7349	46.2016
6	4.9872	2.2661	2.3543	2.3384	1.8424	7.3197	0.1257	-1.2448	0.9368	0.3904	-0.2275	0.3522	-0.6035	0.2281	0.1083	0.379	-0.0727	0.0456	0.3436	-0.0781	0.3078	1.6256	12.8591	47.4477
7	0.1694	-0.0435	0.3541	0.649	0.1645	1.6737	-0.0522	0.0305	-0.0907	0.0395	0.0015	0.0475	0.0858	-0.1185	0.0553	0.1872	-0.0369	0.0349	0.2069	0.0277	0.2041	-1.302	5.8171	28.2095
8	2.1027	-0.365	-0.0357	3.6433	0.567	2.2979	0.0258	0.2315	0.335	-0.2208	-0.0178	0.0324	-0.1119	0.0532	-0.0198	0.1255	0.0059	-0.0022	0.1319	0.0623	0.2009	-21.7678	45.1633	16.8602
9	5.8895	-0.5948	4.712	3.4995	0.786	4.29	-0.2643	0.0869	0.5696	0.0064	0.0657	0.2003	-0.4747	-0.2737	0.2225	0.2188	0.0119	0.0123	0.1528	0.0593	0.293	-26.73	50.7766	16.8467
10	2.9235	-1.3058	-1.0694	2.0152	-0.0565	1.1509	0.1756	0.1453	0.4922	-0.0815	-0.121	-0.272	-0.1997	0.1805	-0.0702	0.1556	-0.0136	-0.0042	0.1982	0.051	0.2109	-10.4081	42.9027	19.8632
11	5.2307	-5.3201	-5.3148	7.8055	5.1595	6.0885	0.3104	0.1405	0.1987	-0.595	-0.1766	-0.2067	-0.3929	0.1972	-0.2157	0.158	-0.0066	-0.0077	0.2283	0.0638	0.1893	-1.494	31.6189	16.1368
12	3.1398	0.6696	-0.3037	3.7486	2.3007	5.6511	0.1376	-0.2043	0.35	0.2044	0.0253	-0.1279	-0.1747	0.1492	-0.14	0.1523	0.0111	0.0165	0.1271	-0.0189	0.184	-15.6356	40.4017	32.8693
13	4.6913	0.3422	-0.3514	5.08	-0.6452	1.5222	-0.2774	0.5378	-0.3829	-0.253	0.0722	0.1257	0.5035	0.0828	0.2257	0.2101	-0.0232	0.0274	0.2551	-0.024	0.1267	-10.2871	22.052	14.9081
14	2.574	-0.5833	-0.2475	2.3164	1.7426	2.1858	0.007	-0.1972	0.1147	0.1904	0.007	-0.0415	0.1316	0.1285	-0.0131	0.1555	-0.0204	0.0077	0.1537	0.0191	0.1498	-12.5701	30.6963	31.3062
15	3.8201	-0.5081	1.4365	3.2993	0.7282	1.0716	-0.2167	0.9909	0.0179	-0.9005	0.1171	-0.9977	0.2724	-0.1	-0.0172	0.3696	-0.0204	0.1459	0.3736	0.0203	0.2777	-19.836	27.7153	1.4131
16	0.5599	0.2308	-0.8094	0.1216	-0.0503	7.3348	-0.2251	0.59	-0.1225	-1.0655	0.0969	-0.5237	0.4433	-0.1489	0.1197	0.4554	-0.0551	0.1115	0.3862	-0.0408	0.2328	-25.9805	20.7049	4.2054
17	0.8745	0.0625	0.3402	0.3852	0.8445	3.2567	0.0129	-0.0193	-0.0433	0.1481	0.0021	0.0363	0.1572	-0.0596	-0.0129	0.1493	-0.0158	0.0209	0.1536	0.026	0.1731	-23.828	27.0674	25.4807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 63 )	A	8 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 95 )	A	64 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 155 )	A	96 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 182 )	A	156 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 183 through 207 )	A	183 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 208 through 224 )	A	208 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 225 through 259 )	A	225 - 267
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 6 through 48 )	B	6 - 48
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 49 through 62 )	B	49 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 95 )	B	63 - 95
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 121 )	B	96 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 122 through 138 )	B	122 - 138
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 139 through 155 )	B	139 - 155
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 156 through 182 )	B	156 - 182
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 183 through 205 )	B	183 - 205
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 206 through 224 )	B	206 - 224
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 225 through 259 )	B	225 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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