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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5idl
タイトルCrystal structure of the germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain, eOD-GT8
要素Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain, eOD-GT8
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV Env / germline-targeting immunogen
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Julien, J.P. / Ereno-Orbea, J. / Jardine, J.G. / Schief, W.R. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI82362 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)CHAVI-ID 1UM1AI100663 米国
CAVDIAVI NAC Center 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI084817 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: HIV-1 broadly neutralizing antibody precursor B cells revealed by germline-targeting immunogen.
著者: Jardine, J.G. / Kulp, D.W. / Havenar-Daughton, C. / Sarkar, A. / Briney, B. / Sok, D. / Sesterhenn, F. / Ereno-Orbea, J. / Kalyuzhniy, O. / Deresa, I. / Hu, X. / Spencer, S. / Jones, M. / ...著者: Jardine, J.G. / Kulp, D.W. / Havenar-Daughton, C. / Sarkar, A. / Briney, B. / Sok, D. / Sesterhenn, F. / Ereno-Orbea, J. / Kalyuzhniy, O. / Deresa, I. / Hu, X. / Spencer, S. / Jones, M. / Georgeson, E. / Adachi, Y. / Kubitz, M. / deCamp, A.C. / Julien, J.P. / Wilson, I.A. / Burton, D.R. / Crotty, S. / Schief, W.R.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain, eOD-GT8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1743
ポリマ－19,7311
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.330, 53.060, 77.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain, eOD-GT8


分子量: 19731.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% (v/v) PEG 400, 2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→40 Å / Num. obs: 3333 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 62.61 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 6.93
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.84-2.920.7791.4198.9
2.92-30.5641.79199.8
3-3.080.5812.02199.3
3.08-3.180.4572.451100
3.18-3.280.2963.43199.8
3.28-3.40.2943.33198.8
3.4-3.530.2494.02199.2
3.53-3.670.1945.511100
3.67-3.830.1676.52199.7
3.83-4.020.1267.48198.3
4.02-4.240.119.31198.8
4.24-4.50.110.281100
4.5-4.810.07712.62199.7
4.81-5.190.07113.841100
5.19-5.690.07612.31100
5.69-6.360.08711.41199.1
6.36-7.340.086111100
7.34-8.990.04618.18199.4
8.99-12.710.04822.38199.3
12.710.03324.59195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JPJ

4jpj


解像度: 2.9→31.422 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2971 243 10.02 %
Rwork0.2531 --
obs0.2575 3332 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.09 Å2 / Biso mean: 52.3497 Å2 / Biso min: 33.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→31.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 28 0 1245
Biso mean--58.83 --
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4551745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.888756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9004-3.65330.3498157141395
3.65330.27621770.2357158599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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