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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ida | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, mannose-bound form (CGL1/MAN) | ||||||
![]() | Natterin-3 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CGL1 / lectin / Crassostrea gigas / N-type / mannose | ||||||
機能・相同性 | DM9 repeat / DM9 repeat / Repeats found in Drosophila proteins. / metal ion binding / beta-D-mannopyranose / Natterin-3![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Unno, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification, Characterization, and X-ray Crystallographic Analysis of a Novel Type of Mannose-Specific Lectin CGL1 from the Pacific Oyster Crassostrea gigas. 著者: Unno, H. / Matsuyama, K. / Tsuji, Y. / Goda, S. / Hiemori, K. / Tateno, H. / Hirabayashi, J. / Hatakeyama, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 255.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15578.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 20% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 160510 / % possible obs: 79.6 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 17 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.1→17.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.505 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.846 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.1→17.87 Å
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拘束条件 |
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