PDB-5id2: Asymmetry in the active site of Mycobacterium tuberculosis AhpE u...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5id2

タイトル

Asymmetry in the active site of Mycobacterium tuberculosis AhpE upon exposure to Mycothiol

要素

(Putative peroxiredoxin Rv2238c) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

mycoredoxin-dependent peroxiredoxin / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / response to nitrosative stress / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Kumar, A. / Balakrishna, A.M. / Gruber, G.

引用

ジャーナル: Free Radic. Biol. Med. / 年: 2016
タイトル: Redox chemistry of Mycobacterium tuberculosis alkylhydroperoxide reductase E (AhpE): Structural and mechanistic insight into a mycoredoxin-1 independent reductive pathway of AhpE via mycothiol
著者: Kumar, A. / Balakrishna, A.M. / Nartey, W. / Manimekalai, M.S.S. / Gruber, G.

履歴

登録	2016年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5id2.cif.gz	257.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5id2.ent.gz	209.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5id2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5id2_validation.pdf.gz	479.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5id2_full_validation.pdf.gz	482.4 KB	表示
XML形式データ	5id2_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	5id2_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5id2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5id2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xxuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kza-d 4hhw-3 5k1g-1 3hjp-2 3mng-1 3lib-7 3lib-8 3lib-3 6s9l-2 4hip-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative peroxiredoxin Rv2238c

B: Putative peroxiredoxin Rv2238c

C: Putative peroxiredoxin Rv2238c

D: Putative peroxiredoxin Rv2238c

ヘテロ分子

73.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative peroxiredoxin Rv2238c

B: Putative peroxiredoxin Rv2238c

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative peroxiredoxin Rv2238c

D: Putative peroxiredoxin Rv2238c

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.906, 146.906, 33.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	THR	THR	A	A	0 - 152	11 - 163
2	1	VAL	VAL	THR	THR	B	B	0 - 152	11 - 163
1	2	VAL	VAL	THR	THR	A	A	0 - 152	11 - 163
2	2	VAL	VAL	THR	THR	C	C	0 - 152	11 - 163
1	3	VAL	VAL	THR	THR	A	A	0 - 152	11 - 163
2	3	VAL	VAL	THR	THR	D	D	0 - 152	11 - 163
1	4	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	-3 - 153	8 - 164
2	4	HIS	HIS	ALA	ALA	C	C	-3 - 153	8 - 164
1	5	MET	MET	THR	THR	B	B	-1 - 152	10 - 163
2	5	MET	MET	THR	THR	D	D	-1 - 152	10 - 163
1	6	MET	MET	THR	THR	C	C	-1 - 152	10 - 163
2	6	MET	MET	THR	THR	D	D	-1 - 152	10 - 163

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Putative peroxiredoxin Rv2238c / Thioredoxin reductase 分子量: 18266.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2238c, MtAhpE / プラスミド: pET9D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIE3, peroxiredoxin
#2: タンパク質	Putative peroxiredoxin Rv2238c / Thioredoxin reductase 分子量: 18250.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2238c, MtAhpE / プラスミド: pET9D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIE3, peroxiredoxin
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.8M sodium malonate pH 5.0, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 5% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→30 Å / Num. obs: 27862 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 29.01 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XXU

1xxu

解像度: 2.43→29.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 14.877 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20454	1387	5 %	RANDOM
R_work	0.18688	-	-	-
obs	0.18777	26336	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.728 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.79 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.43→29.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4848	0	16	230	5094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	5088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.145	1.944	6940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.021	3	11012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.332	5	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.749	23.889	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.888	15	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.776	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9240	0.11
1	2	B	9240	0.11
2	1	A	9289	0.11
2	2	C	9289	0.11
3	1	A	9333	0.1
3	2	D	9333	0.1
4	1	B	9814	0.07
4	2	C	9814	0.07
5	1	B	9161	0.12
5	2	D	9161	0.12
6	1	C	9084	0.11
6	2	D	9084	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.432→2.495 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	112	-
R_work	0.243	1825	-
obs	-	-	97.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1018	-0.686	-0.1631	0.6844	0.0745	0.4323	0.0421	-0.0302	-0.053	-0.0483	0.0023	0.0108	-0.0523	-0.0182	-0.0444	0.0252	-0.0298	0.0193	0.0722	-0.0256	0.0725	17.4479	34.5531	-30.3119
2	0.1506	-0.2652	0.1166	0.7958	-0.1808	0.2871	0.0412	-0.0124	0.0388	-0.0287	-0.0112	-0.02	0.0366	-0.0034	-0.03	0.0724	-0.0166	-0.0134	0.0548	-0.0231	0.0653	40.9008	12.0732	-26.5776
3	0.1684	-0.2493	-0.1983	0.5555	0.1535	0.3913	0.0062	0.0041	-0.0311	0.0159	0.0243	0.0668	-0.0419	0.0039	-0.0305	0.0997	-0.0184	0.0037	0.0296	-0.0148	0.0927	33.3601	58.6808	-12.1871
4	0.6586	-0.2199	-0.0358	0.6922	-0.1148	0.3839	0.0128	-0.0027	0.0472	-0.0113	-0.0414	0.0203	-0.0045	0.0452	0.0285	0.0358	-0.0238	0.0085	0.0866	0.0079	0.0641	58.2566	37.765	-15.8384
5	0.0077	-0.0039	0.015	0.0517	-0.0621	0.2027	-0.024	-0.0028	-0.014	-0.0186	0.0358	0.0159	-0.0249	0.0043	-0.0118	0.0936	-0.0188	0.0197	0.0829	-0.019	0.1139	37.8282	35.3766	-20.7075
6	13.0777	-3.6462	47.1872	26.3335	67.3884	426.5292	1.3525	0.2252	0.4102	0.4455	0.185	-1.0845	7.5473	1.5681	-1.5375	0.3997	0.0205	0.1494	0.1485	-0.1909	0.3661	43.0068	14.3618	-40.7631
7	5.003	-9.1865	11.672	22.7872	-30.6194	41.4912	-0.353	-0.5953	0.8163	0.218	0.0587	-0.4592	-0.1509	0.2195	0.2943	0.2446	0.1131	-0.0784	0.3134	-0.224	0.3837	33.5136	17.4496	-11.261

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-3 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-3 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	301 - 353
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	301 - 369
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	201 - 260
8	X-RAY DIFFRACTION	5	D	201 - 248
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	201
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	202

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関連情報:EMDBヘッダ

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