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- PDB-5icj: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis transcription... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5icj
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis transcriptional repressor EthR2 in complex with BDM41420
要素Probable transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / HELIX-TURN-HELIX DNA BINDING PROTEIN / TETR FAMILY / REGULATORY REPRESSOR / INHIBITOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-69Y / Probable transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wohlkonig, A. / Remaut, H. / Tanina, A. / Meyer, F. / Willand, N. / Baulard, A.R. / Wintjens, R.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Reversion of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis by spiroisoxazoline SMARt-420.
著者: Blondiaux, N. / Moune, M. / Desroses, M. / Frita, R. / Flipo, M. / Mathys, V. / Soetaert, K. / Kiass, M. / Delorme, V. / Djaout, K. / Trebosc, V. / Kemmer, C. / Wintjens, R. / Wohlkonig, A. / ...著者: Blondiaux, N. / Moune, M. / Desroses, M. / Frita, R. / Flipo, M. / Mathys, V. / Soetaert, K. / Kiass, M. / Delorme, V. / Djaout, K. / Trebosc, V. / Kemmer, C. / Wintjens, R. / Wohlkonig, A. / Antoine, R. / Huot, L. / Hot, D. / Coscolla, M. / Feldmann, J. / Gagneux, S. / Locht, C. / Brodin, P. / Gitzinger, M. / Deprez, B. / Willand, N. / Baulard, A.R.
#1: ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural analysis of the interaction between spiroisoxazoline SMARt-420 and the Mycobacterium tuberculosis repressor EthR2.
著者: Wohlkonig, A. / Remaut, H. / Moune, M. / Tanina, A. / Meyer, F. / Desroses, M. / Steyaert, J. / Willand, N. / Baulard, A.R. / Wintjens, R.
履歴
登録2016年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulatory protein
B: Probable transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9264
ポリマ－48,2452
非ポリマー6812
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.800, 74.210, 88.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 201 / Label seq-ID: 32 - 221

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.787281, 0.5783, -0.213911), (0.570618, -0.814779, -0.102613), (-0.233632, -0.041276, -0.971449)-8.42068, 19.23407, -22.96836

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulatory protein / TetR family transcriptional regulator


分子量: 24122.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUE 1-20 ARE THE PURIFICATION TAG
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0078, LH57_00450 / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): CLONAGE SITES: NdeI-BamH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O53623
#2: 化合物 ChemComp-69Y / 4,4,4-trifluoro-1-(3-phenyl-1-oxa-2,8-diazaspiro[4.5]dec-2-en-8-yl)butan-1-one


分子量: 340.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19F3N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 200 mM NaCl, 200 mM Na citrate pH 4.2 and 15% polyethylene glycol monomethylether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 15854 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.83 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 19.21
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.117 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / CC1/2: 0.849 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
MOLREP11.2.05位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ICI

5ici
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→37.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 10.119 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26015 793 5 %RANDOM
Rwork0.21182 ---
obs0.21422 15053 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.358 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2783 0 48 3 2834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192874
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.9843918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98936370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9665373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01222.991117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6915440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2471530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6374.8151505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.64.8141500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1527.2171873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1527.2191872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3935.2341369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3925.2341370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5357.7082046
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.34859.243187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.34659.2323188
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10858 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 55 -
Rwork0.312 1047 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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