[日本語] English
万見
- PDB-5ica: Structure of the CTD complex of UTP12, Utp13, Utp1 and Utp21 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ica
タイトルStructure of the CTD complex of UTP12, Utp13, Utp1 and Utp21
要素
  • (Putative uncharacterized protein) x 2
  • Periodic tryptophan protein 2-like protein
  • Putative U3 snoRNP protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / rRNA processing / 90S preribosome / protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing ...Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / nucleolus
類似検索 - 分子機能
: / WDR3 second beta-propeller domain / WDR3 first beta-propeller domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / Small-subunit processome, Utp12 / Dip2/Utp12 Family / Small-subunit processome, Utp21 / Utp21 specific WD40 associated putative domain ...: / WDR3 second beta-propeller domain / WDR3 first beta-propeller domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / Small-subunit processome, Utp12 / Dip2/Utp12 Family / Small-subunit processome, Utp21 / Utp21 specific WD40 associated putative domain / WDR36/Utp21 second beta-propeller domain / WDR36/Utp21 first beta-propeller / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein / Putative U3 snoRNP protein / Periodic tryptophan protein 2-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.507 Å
データ登録者Zhang, C. / Ye, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Integrative structural analysis of the UTPB complex, an early assembly factor for eukaryotic small ribosomal subunits
著者: Zhang, C. / Sun, Q. / Chen, R. / Chen, X. / Lin, J. / Ye, K.
履歴
登録2016年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative U3 snoRNP protein
D: Periodic tryptophan protein 2-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1674
ポリマ－80,1674
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.695, 121.695, 167.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12


分子量: 18434.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 769-931 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0003430 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0RZL9
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13


分子量: 17371.770 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 738-889 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0065530 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0SG95
#3: タンパク質 Putative U3 snoRNP protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21


分子量: 27201.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 806-1049 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0037800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0S872
#4: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1


分子量: 17158.912 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 701-849 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061240 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0SF93
配列の詳細ONLY WEAK ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR RESIDUES 900-911 OF CHAIN C. AND THESE RESIDUES CANNOT ...ONLY WEAK ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR RESIDUES 900-911 OF CHAIN C. AND THESE RESIDUES CANNOT BE DEFINED EXACTLY. ONLY C-CA ATOMS HAVE BEEN MODELLED. THESE RESIDUES CAN BE ANY POSITION BETWEEN RESIDUES 806-922.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES Sodium, 45% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 0.02M Magnesium Chloride, 0.01M Spermidine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 34729 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rsym value: 0.172 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 20.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.507→34.382 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.31
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 3447 9.94 %
Rwork0.2438 --
obs0.247 34670 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 110.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.507→34.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4378 0 0 0 4378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0696044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7321652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5068-3.55470.41931300.35421246X-RAY DIFFRACTION99
3.5547-3.60550.28631440.35771236X-RAY DIFFRACTION100
3.6055-3.65920.42591360.40931255X-RAY DIFFRACTION100
3.6592-3.71630.43481440.43691244X-RAY DIFFRACTION100
3.7163-3.77720.39021480.37721269X-RAY DIFFRACTION100
3.7772-3.84230.32071340.31691244X-RAY DIFFRACTION100
3.8423-3.9120.39371410.32741253X-RAY DIFFRACTION99
3.912-3.98720.31121280.34111231X-RAY DIFFRACTION99
3.9872-4.06840.3571390.28041239X-RAY DIFFRACTION99
4.0684-4.15670.28731380.30631243X-RAY DIFFRACTION100
4.1567-4.25330.33421380.27521225X-RAY DIFFRACTION99
4.2533-4.35940.29931350.29431284X-RAY DIFFRACTION100
4.3594-4.47710.29781420.26341263X-RAY DIFFRACTION100
4.4771-4.60850.32071290.2631223X-RAY DIFFRACTION100
4.6085-4.75690.31321320.24571249X-RAY DIFFRACTION100
4.7569-4.92640.28721460.23761255X-RAY DIFFRACTION100
4.9264-5.12310.32841340.24541257X-RAY DIFFRACTION100
5.1231-5.35540.34581460.22881257X-RAY DIFFRACTION100
5.3554-5.63660.26351360.26391232X-RAY DIFFRACTION100
5.6366-5.9880.36031400.25051259X-RAY DIFFRACTION100
5.988-6.44750.29611350.2691269X-RAY DIFFRACTION100
6.4475-7.09130.2831340.21831256X-RAY DIFFRACTION100
7.0913-8.10560.20421410.17511241X-RAY DIFFRACTION100
8.1056-10.16820.17311310.12981255X-RAY DIFFRACTION100
10.1682-34.38380.15891460.16781238X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る