PDB-5ibz: Crystal structure of a novel cyclase (pfam04199).

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ibz

タイトル

Crystal structure of a novel cyclase (pfam04199).

要素

Uncharacterized protein

キーワード

LYASE / cyclase / pfam04199 / Uncultured organism clone MGS0169

機能・相同性

Kynurenine formamidase/cyclase-like / Kynurenine formamidase superfamily / Putative cyclase / arylformamidase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / TRIETHYLENE GLYCOL / ACETYLPHOSPHATE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

uncultured organism (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.611 Å

データ登録者

Nocek, B. / Skarina, T. / Brown, G. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a novel cyclase (pfam04199).
著者: Nocek, B. / Skarina, T. / Brown, G. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.

履歴

登録	2016年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ibz.cif.gz	690 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ibz.ent.gz	603 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ibz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ibz_validation.pdf.gz	479.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ibz_full_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示
XML形式データ	5ibz_validation.xml.gz	60.8 KB	表示
CIF形式データ	5ibz_validation.cif.gz	94.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bvp-1 3t91-1 1bvp-2 3t9q-1 6qrq-1 22456 2jc9-1 1ht8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.508, 120.618, 148.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 35173.172 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured organism (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3FEK2
#2: 化合物	ChemComp-UVW / ACETYLPHOSPHATE / アセチルりん酸分子量: 140.032 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₅P
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2KMME 30%, Tris pH 8 0.1M, NH4Acet 0.2M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月3日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.611→38.814 Å / Num. obs: 150117 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.611→1.64 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.611→38.814 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1614	7523	5.02 %
R_work	0.1328	-	-
obs	0.1342	149872	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.611→38.814 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9269	0	42	1616	10927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9736
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.331	13334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.871	3526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1758

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6112-1.6296	0.2194	253	0.191	4435	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6296-1.6487	0.1975	224	0.181	4725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6487-1.6688	0.2242	282	0.1783	4635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6688-1.69	0.2226	206	0.1751	4767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.7122	0.2247	251	0.1611	4714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7122-1.7357	0.1908	269	0.1582	4648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7357-1.7605	0.2146	236	0.1507	4743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7605-1.7867	0.1909	261	0.1465	4679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7867-1.8146	0.173	258	0.1387	4703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8146-1.8444	0.1735	229	0.1379	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8444-1.8762	0.1747	225	0.1338	4748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8762-1.9103	0.1576	273	0.1336	4709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9103-1.9471	0.1588	265	0.1293	4698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9471-1.9868	0.1534	253	0.1239	4701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9868-2.03	0.1542	282	0.1186	4721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.0772	0.157	233	0.1213	4772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0772-2.1292	0.16	232	0.1216	4712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1292-2.1867	0.1372	240	0.1172	4729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1867-2.2511	0.14	273	0.1155	4744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2511-2.3237	0.162	231	0.1168	4801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3237-2.4068	0.136	245	0.1162	4718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4068-2.5031	0.1514	255	0.1168	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5031-2.617	0.1473	266	0.1197	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.617-2.7549	0.1471	245	0.1192	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7549-2.9275	0.1615	257	0.1253	4807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9275-3.1534	0.1622	239	0.1271	4786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1534-3.4706	0.1395	270	0.1287	4790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4706-3.9724	0.1526	255	0.1282	4853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9724-5.0031	0.1461	269	0.1263	4897	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0031-38.8257	0.1956	246	0.1798	5057	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7695	0.0875	-0.0041	0.3947	-0.119	0.696	-0.0097	0.0138	-0.0369	0.0013	0.0096	-0.0503	0.0014	0.0976	-0.0003	0.1046	-0.0003	-0.0025	0.0648	-0.0142	0.0999	74.2771	10.0441	86.8638
2	5.4749	-0.5236	0.0648	0.6791	-1.2604	2.4356	-0.0407	0.0039	0.4107	0.1837	0.0018	-0.0231	-0.2428	-0.2336	0.028	0.1491	0.0046	0.0004	0.1496	-0.0063	0.1661	45.1352	21.6329	109.6504
3	0.3589	-0.0158	-0.1307	0.2323	0.0392	0.5565	-0.0174	-0.0076	-0.0398	-0.017	0.0172	0.0063	0.0664	0.0125	0.0025	0.0923	-0.0006	-0.0015	0.0876	0.0043	0.0934	73.5036	3.1524	91.3425
4	1.0109	0.1809	0.1124	0.8885	0.3552	0.6974	0.0035	-0.0321	-0.0852	-0.0173	-0.0043	-0.0057	0.0783	-0.0088	0.0032	0.0835	-0.0085	0.0074	0.0734	0.0103	0.0705	70.8202	5.0332	88.0173
5	0.9298	-0.1907	-0.3507	0.1869	0.0116	1.0214	0.0125	0.068	-0.0236	-0.003	-0.0009	0.0197	-0.004	-0.0433	-0.0277	0.0893	0.006	-0.0104	0.0419	-0.0038	0.0995	62.9371	12.816	130.2489
6	0.4347	-0.0452	-0.0786	0.4361	-0.1201	0.4958	-0.0069	0.0102	-0.0597	0.0093	-0.0001	0.0275	0.0558	-0.037	0.0074	0.0817	-0.0034	0.0049	0.0877	-0.0045	0.0882	56.443	2.8211	133.0768
7	0.8664	0.0989	0.2476	0.2072	0.0134	0.601	0.0122	-0.0669	-0.022	-0.0159	0.0039	0.0089	0.003	-0.002	-0.0286	0.1145	-0.0015	0.0009	0.0617	-0.0019	0.0973	62.7193	17.9686	94.1967
8	0.1881	-0.1277	0.0329	0.4176	-0.1799	0.4294	-0.0024	-0.0177	0.0168	-0.0073	0.0149	0.0071	-0.0482	-0.031	-0.0092	0.0956	-0.0017	-0.0114	0.0978	-0.0012	0.0946	52.4185	29.4316	93.4806
9	0.9296	0.151	-0.229	0.9375	-0.3845	0.6432	0.0404	-0.016	0.071	-0.0344	-0.0209	0.0233	-0.0544	-0.0109	-0.0145	0.0939	-0.0073	-0.0113	0.0824	-0.0054	0.076	55.0227	27.7066	89.0401
10	0.8231	-0.016	0.3195	0.2081	-0.1181	0.8166	0.0122	0.0596	-0.0225	0.0014	-0.0078	-0.0009	0.004	0.0212	-0.0132	0.0986	0.0074	0.0046	0.0598	-0.0085	0.1021	65.9314	17.6342	129.7796
11	0.3318	0.0443	0.0057	0.4821	0.1455	0.5645	-0.0004	-0.0073	0.0467	0.0209	-0.0045	-0.0219	-0.0678	0.0338	0.0043	0.0831	-0.0025	-0.0103	0.0859	0.0034	0.0883	74.9089	28.3638	132.0223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 118 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 119 through 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 259 through 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 119 through 341 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 34 through 118 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 119 through 257 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 258 through 341 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 34 through 118 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 119 through 341 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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