[日本語] English
万見
- PDB-5ibw: Complex of MlcC bound to the tandem IQ motif of MyoC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ibw
タイトルComplex of MlcC bound to the tandem IQ motif of MyoC
要素
  • Calcium-binding EF-hand domain-containing protein
  • Myosin IC heavy chain
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin IQ motif Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytic cup lip / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / myosin I binding / actin cortical patch localization / pinocytosis / macropinocytic cup / myosin light chain binding / mitotic spindle microtubule / filopodium assembly ...phagocytic cup lip / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / myosin I binding / actin cortical patch localization / pinocytosis / macropinocytic cup / myosin light chain binding / mitotic spindle microtubule / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell leading edge / phagocytosis / enzyme regulator activity / actin filament organization / mitotic spindle organization / cell motility / phospholipid binding / microtubule cytoskeleton organization / endocytosis / chemotaxis / actin filament binding / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / calcium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand ...Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin IC heavy chain / Calcium-binding EF-hand domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Langelaan, D.N. / Smith, S.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Single-lobe Myosin Light Chain C in Complex with the Light Chain-binding Domains of Myosin-1C Provides Insights into Divergent IQ Motif Recognition.
著者: Langelaan, D.N. / Liburd, J. / Yang, Y. / Miller, E. / Chitayat, S. / Crawley, S.W. / Cote, G.P. / Smith, S.P.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding EF-hand domain-containing protein
B: Calcium-binding EF-hand domain-containing protein
C: Myosin IC heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3234
ポリマ－23,3003
非ポリマー231
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.680, 31.410, 56.410
Angle α, β, γ (deg.)75.790, 84.000, 67.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Calcium-binding EF-hand domain-containing protein


分子量: 8917.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: DDB_G0289563 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q54HC2
#2: タンパク質・ペプチド Myosin IC heavy chain


分子量: 5464.219 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 699-739 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: myoC, dmiC, DDB_G0276617 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42522
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.13 % / 解説: Small triangular prisms
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.7M NaH2PO4/K2HPO4 pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.2 Å / Num. obs: 12613 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IX7

2ix7


解像度: 1.9→28.2 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 631 -
Rwork0.14 --
obs-11982 90.9 %
原子変位パラメータBiso max: 50.42 Å2 / Biso mean: 16.7145 Å2 / Biso min: 4.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1606 0 1 238 1845
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.05 Å / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.12

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る