PDB-5ibi: Crystal structure Mycobacterium tuberculosis CYP121 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ibi

タイトル

Crystal structure Mycobacterium tuberculosis CYP121 in complex with inhibitor fragment 26a

要素

Cytochrome P450 121 CYP121

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mycobacterium tuberculosis CYP121 Fragment based inhibitor screening

機能・相同性

機能・相同性情報

mycocyclosin synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water /

cyclase activity /

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する /

carbon monoxide binding /

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity /

steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

monooxygenase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Levy, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Fragment-Based Approaches to the Development of Mycobacterium tuberculosis CYP121 Inhibitors.
著者: Kavanagh, M.E. / Coyne, A.G. / McLean, K.J. / James, G.G. / Levy, C.W. / Marino, L.B. / de Carvalho, L.P. / Chan, D.S. / Hudson, S.A. / Surade, S. / Leys, D. / Munro, A.W. / Abell, C.

履歴

登録	2016年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ibi.cif.gz	105.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ibi.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ibi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5edtC 5ibdC 5ibeC 5ibfC 5ibgC 5ibhC 5ibjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ipw-d 1n4g-d 6rq8-d 5ibj-d 6rq5-d 6rqe-d 5iki-2 5u6e-1 6rqb-d 6geo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 121 CYP121

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.822, 77.822, 265.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-597- HOH
2	1	A-826- HOH
3	1	A-892- HOH
4	1	A-930- HOH

#1: タンパク質	Cytochrome P450 121 CYP121 / P450 heme-thiolate protein Cyp121 分子量: 43305.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cyp121, cyp121_1, EI32_2700, ERS007657_00455, ERS007661_00083, ERS007663_02869, ERS007665_01035, ERS007670_00377, ERS007672_00334, ERS007679_00173, ERS007681_01277, ERS007703_02339, ...遺伝子: cyp121, cyp121_1, EI32_2700, ERS007657_00455, ERS007661_00083, ERS007663_02869, ERS007665_01035, ERS007670_00377, ERS007672_00334, ERS007679_00173, ERS007681_01277, ERS007703_02339, ERS007720_01219, ERS007722_01069, ERS013447_00077, ERS013471_02812, ERS023446_00317, ERS024276_01833, ERS027644_00398, ERS027652_00994, ERS027654_01464, ERS027656_01022, ERS027659_00311, ERS027666_00100, ERS031537_01827, ERS075357_02976, ERS075361_02508, ERS075387_01689, ERS124361_02646, HX90_2763 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9WNE5, UniProt: P9WPP7*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-69U / 4,4'-(5-{[(4-hydroxyphenyl)methyl]amino}-1H-pyrazole-3,4-diyl)diphenol / 3,4-ビス(4-ヒドロキシフェニル)-5-(4-ヒドロキシベンジルアミノ)-1H-ピラゾ-ル分子量: 373.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₉N₃O₃
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.5-2.1 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium MES or Cacodylate from pH 5.5-6.1 PH範囲: 5.5 - 6.15

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47.254 Å / Num. obs: 45602 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.1615 / Net I/σ(I): 11.49
反射シェル	解像度: 2.2→2.278 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.2824 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 99.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: INHOUSE

解像度: 2.2→47.254 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 20.06

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2326	3641	7.98 %	Random
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.1971	45602	99.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.254 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3013	0	86	436	3535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3217
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	4399
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.008	1198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1996-2.2285	0.29	138	0.2225	1619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2285-2.2591	0.2965	137	0.2318	1586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2591-2.2913	0.2702	148	0.2172	1646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2913-2.3255	0.2605	139	0.2264	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3255-2.3619	0.2391	142	0.219	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3619-2.4006	0.2989	134	0.2244	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4006-2.442	0.2744	137	0.2287	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.442-2.4864	0.3081	138	0.2274	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4864-2.5342	0.2866	142	0.2182	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5342-2.5859	0.2838	142	0.2216	1634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5859-2.6422	0.259	140	0.2226	1607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6422-2.7036	0.2969	142	0.2276	1603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7036-2.7712	0.2306	130	0.2112	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7712-2.8461	0.2476	137	0.216	1600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8461-2.9299	0.2372	143	0.2169	1624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9299-3.0244	0.2261	140	0.2117	1622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0244-3.1325	0.2469	143	0.2128	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1325-3.2579	0.2676	145	0.1997	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2579-3.4061	0.201	139	0.1877	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4061-3.5856	0.2036	142	0.1702	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5856-3.8102	0.183	145	0.1585	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8102-4.1042	0.1905	140	0.154	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1042-4.517	0.1434	143	0.1397	1592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.517-5.1699	0.1887	146	0.1462	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1699-6.5108	0.23	137	0.1785	1621	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5108-47.2646	0.1701	132	0.1617	1614	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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