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- PDB-5ib5: Crystal structure of HLA-B*27:09 complexed with the self-peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ib5
タイトルCrystal structure of HLA-B*27:09 complexed with the self-peptide pVIPR and Copper
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
  • Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-COMPLEX / MHC MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX) / HLA- B*2709
機能・相同性
機能・相同性情報


pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptor activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity ...pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptor activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Glucagon-type ligand receptors / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / G alpha (s) signalling events / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Janke, R. / Ballaschk, M. / Schmieder, P. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A. / Loll, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Metal-triggered conformational reorientation of a self-peptide bound to a disease-associated HLA-B*27 subtype.
著者: Driller, R. / Ballaschk, M. / Schmieder, P. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A. / Loll, B.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,96914
ポリマ－90,4616
非ポリマー5098
水3,513195
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4216
ポリマ－45,2303
非ポリマー1913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5488
ポリマ－45,2303
非ポリマー3185
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.004, 81.677, 126.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain / MHC class I antigen B*27


分子量: 31951.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 / VIP-R-1 / Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type II receptor / PACAP-R2 / VPAC1


分子量: 1399.694 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 400-408 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32241

-
非ポリマー , 4種, 203分子

#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris HCl, 16% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月6日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→43 Å / Num. obs: 66171 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 1.2 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.49→2.64 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: 000)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OF2

1of2


解像度: 2.49→43 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 3316 5.01 %
Rwork0.2138 --
obs0.2168 66168 92.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6382 0 13 195 6590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9888997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7533960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4875-2.5230.38431260.30042414X-RAY DIFFRACTION85
2.523-2.56060.37041360.29262547X-RAY DIFFRACTION90
2.5606-2.60060.40161370.28582569X-RAY DIFFRACTION92
2.6006-2.64330.39031310.28792557X-RAY DIFFRACTION91
2.6433-2.68890.35541390.27432633X-RAY DIFFRACTION92
2.6889-2.73770.33211370.26012556X-RAY DIFFRACTION92
2.7377-2.79040.28261370.2452618X-RAY DIFFRACTION92
2.7904-2.84730.27471390.252628X-RAY DIFFRACTION92
2.8473-2.90920.35591380.23582574X-RAY DIFFRACTION93
2.9092-2.97690.33311390.21962611X-RAY DIFFRACTION93
2.9769-3.05130.24761370.20552599X-RAY DIFFRACTION93
3.0513-3.13380.2661430.21442647X-RAY DIFFRACTION93
3.1338-3.2260.28211370.21532598X-RAY DIFFRACTION93
3.226-3.33010.25921420.21472675X-RAY DIFFRACTION94
3.3301-3.4490.29571380.20742628X-RAY DIFFRACTION93
3.449-3.58710.29851430.20982623X-RAY DIFFRACTION94
3.5871-3.75020.25071350.19062634X-RAY DIFFRACTION94
3.7502-3.94780.2531410.1912675X-RAY DIFFRACTION94
3.9478-4.1950.24491390.19192630X-RAY DIFFRACTION94
4.195-4.51860.2381430.18052663X-RAY DIFFRACTION94
4.5186-4.97270.23041400.17592655X-RAY DIFFRACTION95
4.9727-5.69080.23541450.18512719X-RAY DIFFRACTION95
5.6908-7.16450.23761380.22272698X-RAY DIFFRACTION96
7.1645-43.05240.221360.21492701X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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