PDB-5iao: Structure and mapping of spontaneous mutational sites of PyrR fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iao

タイトル

Structure and mapping of spontaneous mutational sites of PyrR from Mycobacterium tuberculosis

要素

Bifunctional protein PyrR

キーワード

TRANSFERASE / Uracil phosphoribosyltransferase (UPRTase)

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / nucleoside metabolic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.598 Å

データ登録者

Sivaraman, J. / Ghode, P. / Ramachandran, S.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structure and mapping of spontaneous mutational sites of PyrR from Mycobacterium tuberculosis
著者: Ghode, P. / Ramachandran, S. / Bifani, P. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2016年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iao.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iao.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iao_validation.pdf.gz	493.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iao_full_validation.pdf.gz	509.8 KB	表示
XML形式データ	5iao_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	5iao_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5iao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5iao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w30S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fh2-d 2fh1-d 1oxw-d 3h0b-d 1fui-2 2fh4-d 1p8x-d 1fui-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Bifunctional protein PyrR

B: Bifunctional protein PyrR

C: Bifunctional protein PyrR

D: Bifunctional protein PyrR

E: Bifunctional protein PyrR

F: Bifunctional protein PyrR

ヘテロ分子

129 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.836, 127.770, 90.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bifunctional protein PyrR 分子量: 21486.447 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌) 株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: pyrR, MRA_1388 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U281, UniProt: P9WHK3*PLUS, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL / 5-FU 分子量: 130.077 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃FN₂O₂ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M imidazole pH 6.5, 1.0M sodium acetate trihydrate, 10%(v/v) 1,2-Butanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.598→42.24 Å / Num. obs: 188352 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.598→2.691 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W30

1w30

解像度: 2.598→42.24 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	2006	4.03 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.1969	49742	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.598→42.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7773	0	27	341	8141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7896
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	10713
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.451	2964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5984-2.6634	0.272	137	0.2554	3309	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6634-2.7354	0.3014	137	0.2506	3395	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7354-2.8159	0.3268	144	0.2481	3371	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8159-2.9067	0.2704	141	0.2497	3377	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9067-3.0106	0.3197	145	0.2322	3393	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0106-3.1311	0.3144	139	0.2293	3397	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1311-3.2735	0.2594	146	0.2207	3393	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2735-3.446	0.259	141	0.2069	3404	X-RAY DIFFRACTION	99
3.446-3.6618	0.2736	148	0.1919	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6618-3.9444	0.208	144	0.1718	3395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9444-4.341	0.2099	145	0.1626	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
4.341-4.9683	0.162	141	0.1445	3439	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9683-6.2562	0.2155	147	0.188	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2562-42.2488	0.182	151	0.1715	3481	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)