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万見
- PDB-5iao: Structure and mapping of spontaneous mutational sites of PyrR fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iao
タイトルStructure and mapping of spontaneous mutational sites of PyrR from Mycobacterium tuberculosis
要素Bifunctional protein PyrR
キーワードTRANSFERASE / Uracil phosphoribosyltransferase (UPRTase)
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Bifunctional protein PyrR / : / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-FLUOROURACIL / Bifunctional protein PyrR / Bifunctional protein PyrR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Ghode, P. / Ramachandran, S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
NUS AcRF tier 1 grantR154000616112 シンガポール
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Structure and mapping of spontaneous mutational sites of PyrR from Mycobacterium tuberculosis
著者: Ghode, P. / Ramachandran, S. / Bifani, P. / Sivaraman, J.
履歴
登録2016年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PyrR
B: Bifunctional protein PyrR
C: Bifunctional protein PyrR
D: Bifunctional protein PyrR
E: Bifunctional protein PyrR
F: Bifunctional protein PyrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,3099
ポリマ－128,9196
非ポリマー3903
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area45050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.836, 127.770, 90.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional protein PyrR


分子量: 21486.447 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: pyrR, MRA_1388 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5U281, UniProt: P9WHK3*PLUS, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL


分子量: 130.077 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3FN2O2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M imidazole pH 6.5, 1.0M sodium acetate trihydrate, 10%(v/v) 1,2-Butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→42.24 Å / Num. obs: 188352 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.598→2.691 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W30

1w30


解像度: 2.598→42.24 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 2006 4.03 %
Rwork0.1951 --
obs0.1969 49742 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→42.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7773 0 27 341 8141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8610713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4512964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5984-2.66340.2721370.25543309X-RAY DIFFRACTION97
2.6634-2.73540.30141370.25063395X-RAY DIFFRACTION99
2.7354-2.81590.32681440.24813371X-RAY DIFFRACTION99
2.8159-2.90670.27041410.24973377X-RAY DIFFRACTION99
2.9067-3.01060.31971450.23223393X-RAY DIFFRACTION99
3.0106-3.13110.31441390.22933397X-RAY DIFFRACTION99
3.1311-3.27350.25941460.22073393X-RAY DIFFRACTION99
3.2735-3.4460.2591410.20693404X-RAY DIFFRACTION99
3.446-3.66180.27361480.19193460X-RAY DIFFRACTION100
3.6618-3.94440.2081440.17183395X-RAY DIFFRACTION100
3.9444-4.3410.20991450.16263440X-RAY DIFFRACTION100
4.341-4.96830.1621410.14453439X-RAY DIFFRACTION100
4.9683-6.25620.21551470.1883482X-RAY DIFFRACTION100
6.2562-42.24880.1821510.17153481X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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