PDB-5i7n: MaoC-like dehydratase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i7n

タイトル

MaoC-like dehydratase

要素

MaoC-like dehydratase

キーワード

LYASE / enzyme / hydratase / MaoC like

機能・相同性

機能・相同性情報

(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Blaise, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Deletion of a dehydratase important for intracellular growth and cording renders rough Mycobacterium abscessus avirulent.
著者: Halloum, I. / Carrere-Kremer, S. / Blaise, M. / Viljoen, A. / Bernut, A. / Le Moigne, V. / Vilcheze, C. / Guerardel, Y. / Lutfalla, G. / Herrmann, J.L. / Jacobs, W.R. / Kremer, L.

履歴

登録	2016年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i7n.cif.gz	154.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i7n.ent.gz	120.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i7n_validation.pdf.gz	423 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i7n_full_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示
XML形式データ	5i7n_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	5i7n_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v12S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xpm-2 4xl4-d 2ezv-d 4n45-d 4xl3-d 6bjb-d 6dio-2 4wyr-d 7c72-1 4c2k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MaoC-like dehydratase

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MaoC-like dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.320, 83.320, 124.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-667- HOH

#1: タンパク質	MaoC-like dehydratase 分子量: 36672.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: MAB_4780 / プラスミド: pET-32 ek/lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): rosetta 2 pLys / 参照: UniProt: B1MM63
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 2.8 M AmSO4, 1mM trans-2-dodecanoyl-CoA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 52624 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 6.58 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4v12

4v12

解像度: 1.65→42.772 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	2000	3.8 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1625	52613	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.772 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2464	0	0	533	2997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.761	3587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.781	958
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	405
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	474

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6499-1.6912	0.2756	138	0.2324	3501	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6912-1.7369	0.2197	141	0.2108	3550	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7369-1.788	0.2527	138	0.207	3514	X-RAY DIFFRACTION	98
1.788-1.8457	0.23	140	0.2009	3550	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8457-1.9117	0.214	140	0.1869	3531	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9117-1.9883	0.2132	141	0.1773	3567	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9883-2.0787	0.1994	142	0.1621	3588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0787-2.1883	0.1821	142	0.1617	3584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1883-2.3254	0.2138	142	0.1595	3607	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3254-2.505	0.1926	143	0.1523	3629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.505-2.757	0.1763	144	0.1562	3648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.757-3.1558	0.1994	146	0.1558	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1558-3.9756	0.1705	148	0.1434	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9756-42.7866	0.1596	155	0.1473	3916	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6195	0.1544	0.9095	1.4449	0.4773	1.0405	-0.0832	0.1808	0.2266	-0.0832	0.0503	0.0695	0.0079	0.0332	0.0061	0.071	-0.0141	-0.0154	0.0905	-0.0031	0.0968	-5.6801	17.4373	-25.8501
2	2.2416	0.0754	0.4665	1.1901	0.0879	2.0689	-0.0893	0.4072	0.1575	-0.1612	0.0284	-0.2119	-0.0258	0.5572	0.0494	0.1129	-0.0253	-0.002	0.2594	0.0272	0.1492	6.2431	21.3344	-30.6473
3	0.434	0.4607	0.4202	2.4774	1.2566	1.1865	-0.034	0.4267	0.1426	-0.3734	0.2566	-0.6056	-0.2945	0.5485	-0.1391	0.2924	-0.0703	0.0543	0.5472	0.0031	0.3422	10.1036	16.1903	-39.4955
4	1.6019	0.5526	0.9718	0.961	1.1291	2.6636	0.0872	0.0315	-0.0244	0.1488	0.0795	-0.1396	0.2296	0.2728	-0.1249	0.0863	0.0255	-0.0216	0.1056	0.002	0.1003	5.2151	12.8226	-14.7116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 149 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 195 through 342 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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