PDB-5i7i: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i7i

タイトル

Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157) in complex with co-crystallized 3-hydroxybenzoate

要素

TRAP solute Binding Protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

uncultured marine bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag ...
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.

履歴

登録	2016年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ	4xeq-4 2vpn-1 6ntp-d 4ovp-2 4ovr-2 4ovq-d 2pfz-d 2vpo-2 4x8r-1 2vpn-2 4ovr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: TRAP solute Binding Protein

B: TRAP solute Binding Protein

ヘテロ分子

74.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAP solute Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP solute Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.091, 82.588, 75.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP solute Binding Protein 分子量: 37000.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured marine bacterium (環境試料) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-3HB / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシ安息香酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 75 mg/ml); Reservoir (MCSG2 A2)(0.1 M HEPES pH 7.5, 20 %(w/v) PEG 8000); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→82.59 Å / Num. obs: 133576 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 8.27 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.3-1.32	3	0.727	19208	6307	0.583	0.484	0.878	1.9	92.5
7.12-82.59	3.4	0.025	2626	765	0.999	0.016	0.03	28.8	85.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.9	データスケーリング
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOLREP		位相決定
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Intial model obtained from a TrimethylLeadAceate Derivative dataset

解像度: 1.3→37.575 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1726	6623	4.96 %
R_work	0.1477	-	-
obs	0.149	133540	96.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.92 Å² / B_iso mean: 13.4885 Å² / B_iso min: 3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→37.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4834	0	64	1125	6023
B_iso mean	-	-	14.95	24.8	-
残基数	-	-	-	-	638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	6950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	769
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.09	1923

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.2816	221	0.262	4044	4265	92
1.3148-1.3303	0.2711	239	0.2572	4009	4248	92
1.3303-1.3465	0.2492	212	0.2513	4028	4240	93
1.3465-1.3635	0.2785	201	0.2416	4086	4287	94
1.3635-1.3815	0.2684	200	0.2415	4133	4333	94
1.3815-1.4004	0.2474	204	0.2328	4110	4314	94
1.4004-1.4204	0.2387	223	0.2139	4146	4369	96
1.4204-1.4416	0.2351	234	0.2036	4191	4425	96
1.4416-1.4641	0.2243	228	0.1979	4136	4364	96
1.4641-1.4881	0.2194	232	0.1873	4219	4451	97
1.4881-1.5138	0.2093	232	0.1805	4176	4408	97
1.5138-1.5413	0.2068	233	0.1738	4246	4479	97
1.5413-1.571	0.1839	212	0.1633	4214	4426	97
1.571-1.603	0.2	209	0.1658	4286	4495	97
1.603-1.6379	0.1805	231	0.1584	4216	4447	98
1.6379-1.676	0.1786	231	0.1471	4264	4495	98
1.676-1.7179	0.1719	225	0.1422	4314	4539	98
1.7179-1.7644	0.1676	189	0.1364	4285	4474	98
1.7644-1.8163	0.1616	203	0.1388	4315	4518	98
1.8163-1.8749	0.1542	213	0.1393	4240	4453	97
1.8749-1.9419	0.1672	223	0.1378	4327	4550	99
1.9419-2.0196	0.1425	238	0.135	4266	4504	98
2.0196-2.1116	0.1686	244	0.1253	4299	4543	98
2.1116-2.2229	0.1345	222	0.123	4278	4500	98
2.2229-2.3621	0.1503	210	0.1215	4352	4562	99
2.3621-2.5445	0.1585	246	0.1202	4317	4563	99
2.5445-2.8004	0.1506	237	0.1237	4324	4561	99
2.8004-3.2055	0.1305	210	0.1235	4397	4607	100
3.2055-4.0378	0.1509	213	0.1186	4400	4613	99
4.0378-37.5902	0.1516	208	0.1353	4299	4507	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3007	0.7831	-0.8995	1.9738	-0.2817	1.6968	-0.0023	-0.0426	-0.0219	0.0286	-0.0264	-0.2164	0.1064	0.1455	0.0601	0.0631	0.0102	-0.0094	0.0641	0.0021	0.0538	7.5168	-0.1709	-26.1666
2	0.1057	-0.0395	0.4785	0.015	-0.1835	2.2353	-0.1217	-0.3003	0.0361	0.207	0.1919	-0.1415	0.1414	0.2424	-0.0037	0.1247	0.0415	-0.0256	0.1956	-0.0047	0.0782	9.537	-1.8348	-16.2416
3	0.9839	-0.6458	0.1912	1.4581	-0.4043	0.865	0.0339	0.0396	-0.1013	-0.0574	0.0013	0.0612	0.0628	-0.0243	-0.0357	0.0838	-0.0038	-0.004	0.0673	-0.0088	0.0673	-1.0252	-4.8301	-31.0613
4	0.6553	-0.1402	0.0049	0.5124	-0.3916	0.6057	0.0098	-0.0165	-0.0577	0.0314	0.0222	0.1014	0.0068	-0.0313	-0.0318	0.0662	-0.0017	0.0041	0.0739	-0.0032	0.0759	-11.2537	7.432	-25.1271
5	1.4657	-0.6068	1.0353	2.1274	-0.4969	0.7337	0.0328	0.1505	0.0593	-0.2336	-0.0277	-0.0375	0.0171	-0.012	-0.014	0.0662	0.0027	0.0063	0.05	-0.0066	0.0501	-2.075	21.8065	-44.5089
6	1.2752	-0.7196	0.0951	1.54	-0.4009	1.5705	0.1428	0.1496	-0.0443	-0.4059	-0.0655	0.072	0.1051	-0.0018	-0.0385	0.1606	0.0068	-0.0194	0.0765	-0.0093	0.0605	-5.5572	11.3499	-45.8645
7	1.1214	-0.1174	-0.1861	0.6274	-0.3858	0.9693	0.0922	0.0587	-0.0122	-0.1213	-0.0698	-0.0309	0.0356	0.0423	-0.0212	0.082	0.0055	-0.0001	0.0483	-0.0074	0.0456	1.8309	16.7795	-39.5839
8	0.6318	-0.0536	0.293	1.83	-0.6259	1.8126	0.0031	-0.1603	-0.0594	0.2775	-0.0234	0.0071	0.1283	-0.0544	0.0239	0.1205	-0.0007	0.0075	0.1024	0.0064	0.0659	-2.0214	-3.3965	-14.5005
9	0.1716	-0.045	-0.0985	1.0659	-0.8471	1.2462	0.0033	-0.0336	0.0269	0.0461	-0.0389	-0.0451	-0.0946	0.0594	0.0383	0.0747	-0.0104	-0.0032	0.0735	-0.0057	0.0709	4.2828	20.1614	-30.5523
10	2.2002	2.6448	-1.0289	4.687	-1.562	0.878	-0.0538	0.1544	0.0284	-0.1103	0.143	0.1703	0.0292	-0.1655	-0.0886	0.0747	0.0024	-0.0051	0.1045	0.0056	0.0927	-19.9496	17.3753	-37.3029
11	2.2066	-0.2701	0.4026	2.1402	0.0215	2.5494	0.0421	-0.1479	0.141	0.0362	-0.0166	0.0163	-0.0179	-0.0406	-0.0083	0.0627	0.0084	0.0196	0.0791	0.0079	0.078	-17.3893	16.5269	-22.3881
12	0.8965	0.001	-0.14	0.9777	-0.2575	0.9183	-0.0003	-0.0981	-0.0489	0.1541	-0.0268	-0.1464	0.0372	0.0741	0.0472	0.0775	-0.0015	-0.0197	0.07	0.0099	0.0747	26.1666	-2.5978	17.0112
13	0.7395	-0.5717	0.1879	1.5046	-0.4246	0.9059	0.0023	0.0225	-0.0769	-0.0726	0.0211	0.0251	0.0553	-0.0286	-0.0209	0.0679	-0.0025	-0.0026	0.0536	-0.0065	0.0603	16.4612	-5.6547	6.2517
14	1.0071	0.0109	-0.0012	0.4176	-0.2678	0.5328	0.0216	0.0007	0.0062	0.0476	0.0173	0.0856	-0.012	-0.0218	-0.0421	0.062	0.0051	0.0131	0.0647	0.0031	0.0703	6.2099	6.8561	12.9374
15	0.6364	-0.1365	0.2285	1.3879	-0.555	0.8612	-0.0136	0.0911	0.013	-0.1227	0.0592	0.0387	0.0394	-0.0729	-0.0367	0.0548	-0.0131	0.0011	0.0799	0.012	0.0619	14.6864	13.832	-6.125
16	0.2157	0.0813	-0.0809	1.0605	-0.5358	0.4386	-0.0024	-0.035	0.0118	0.1276	0.0051	-0.0058	-0.047	0.0167	0.0009	0.057	0.0025	-0.0027	0.0595	-0.0036	0.0519	16.2251	4.5198	13.5695
17	0.376	0.0259	-0.1943	0.8026	-0.629	1.027	0.0116	-0.0265	0.0674	0.0745	-0.0465	-0.0718	-0.0625	0.1058	0.029	0.0524	-0.0116	-0.0024	0.0475	-0.001	0.0665	21.6115	19.0945	7.7059
18	1.874	3.1218	-0.9995	5.4916	-1.8512	0.6477	-0.0485	0.1935	0.1396	-0.0211	0.2161	0.3181	0.0056	-0.1249	-0.1625	0.0605	0.0153	0.0039	0.1237	0.0292	0.1467	-2.3778	16.9892	1.2124
19	4.0456	1.2394	1.1488	2.02	0.3465	2.025	0.0427	-0.2186	0.2533	0.1076	-0.0381	0.1854	-0.1248	-0.1158	0.0179	0.0766	0.0112	0.038	0.0773	0.001	0.1076	-0.0903	15.2121	15.7945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 44 )	A	25 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 65 )	A	45 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 95 )	A	66 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 144 )	A	96 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 145 through 163 )	A	145 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 164 through 200 )	A	164 - 200
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 237 )	A	201 - 237
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 238 through 264 )	A	238 - 264
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 265 through 297 )	A	265 - 297
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 298 through 322 )	A	298 - 322
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 323 through 342 )	A	323 - 342
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 23 through 65 )	B	23 - 65
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 66 through 95 )	B	66 - 95
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 96 through 144 )	B	96 - 144
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 145 through 217 )	B	145 - 217
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 218 through 264 )	B	218 - 264
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 265 through 297 )	B	265 - 297
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 298 through 322 )	B	298 - 322
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 323 through 342 )	B	323 - 342

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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