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Yorodumi- PDB-5i7i: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding prot... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i7i | ||||||
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Title | Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157) in complex with co-crystallized 3-hydroxybenzoate | ||||||
Components | TRAP solute Binding Protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
Function / homology | Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | uncultured marine bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_ ...Title: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157) in complex with co-purified 4-hydroxybenzoate Authors: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5i7i.cif.gz | 385.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5i7i.ent.gz | 317.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5i7i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5i7i_validation.pdf.gz | 455.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5i7i_full_validation.pdf.gz | 456.8 KB | Display | |
Data in XML | 5i7i_validation.xml.gz | 35 KB | Display | |
Data in CIF | 5i7i_validation.cif.gz | 57.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7i | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37000.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured marine bacterium (environmental samples) Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 75 mg/ml); Reservoir (MCSG2 A2)(0.1 M HEPES pH 7.5, 20 %(w/v) PEG 8000); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% Reservoir) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→82.59 Å / Num. obs: 133576 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 8.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Intial model obtained from a TrimethylLeadAceate Derivative dataset Resolution: 1.3→37.575 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.49
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.92 Å2 / Biso mean: 13.4885 Å2 / Biso min: 3.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→37.575 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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