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- PDB-5i7e: Crystal structure of B. pseudomallei FabI in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i7e
タイトルCrystal structure of B. pseudomallei FabI in apo form
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / enoyl-ACP reductase / Burkholderia pseudomallei
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hirschbeck, M.W. / Eltschkner, S. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 630 ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Rationalizing the Binding Kinetics for the Inhibition of the Burkholderia pseudomallei FabI1 Enoyl-ACP Reductase.
著者: Neckles, C. / Eltschkner, S. / Cummings, J.E. / Hirschbeck, M. / Daryaee, F. / Bommineni, G.R. / Zhang, Z. / Spagnuolo, L. / Yu, W. / Davoodi, S. / Slayden, R.A. / Kisker, C. / Tonge, P.J.
履歴
登録2016年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3251
ポリマ－29,3251
非ポリマー00
水4,089227
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3024
ポリマ－117,3024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13420 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area34510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.686, 75.243, 85.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-482-

HOH

31A-499-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 29325.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: fabI, fabI_2, ACT79_25590, AM256_11615, AM257_11635, AMS56_08605, DP46_2957, DP49_6839, ERS012314_03793, ERS012372_03823, SY87_14645, TR70_1075, VU09_13745
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069B9A4, UniProt: A0A0H3HP34*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 30 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.849999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.849999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→37.62 Å / Num. obs: 28203 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ek2

3ek2


解像度: 1.65→33.325 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1861 1421 5.04 %
Rwork0.1585 --
obs0.1599 28188 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 51.777 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1508 Å20 Å20 Å2
2--3.5551 Å20 Å2
3---0.5957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 0 227 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0422693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.98718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.7090.27911540.22062694X-RAY DIFFRACTION98
1.709-1.77740.23681450.20182684X-RAY DIFFRACTION98
1.7774-1.85830.21141530.17072685X-RAY DIFFRACTION98
1.8583-1.95620.1971430.16632681X-RAY DIFFRACTION97
1.9562-2.07880.21671350.1592697X-RAY DIFFRACTION97
2.0788-2.23930.18741370.15742660X-RAY DIFFRACTION96
2.2393-2.46450.19041290.15412686X-RAY DIFFRACTION96
2.4645-2.8210.18061300.16182659X-RAY DIFFRACTION95
2.821-3.55350.18111520.15592632X-RAY DIFFRACTION93
3.5535-33.33170.16261430.14662689X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5514-0.1265-0.30871.4963-0.18063.62850.1439-0.11360.25310.0839-0.00670.0007-0.3247-0.3694-0.12390.19340.05280.04310.22990.02310.209110.90685.186616.8731
22.2724-0.0057-0.1060.4417-0.54892.2031-0.0262-0.32180.16120.13830.09290.0775-0.1893-0.2026-0.07460.21290.01430.01470.26080.01160.218912.80510.218224.3239
36.9632-0.2393-2.40981.0822-0.68341.50650.0274-0.44320.95140.2193-0.0053-0.0813-0.2943-0.1646-0.01120.30530.036-0.00580.2884-0.09880.337839.052614.371322.1688
41.71430.5744-0.22110.6426-0.10040.8526-0.0041-0.09220.0115-0.01140.0614-0.0119-0.0046-0.0313-0.05450.15190.01850.01890.1369-0.00430.149328.46980.575217.8933
50.8556-0.0655-0.05590.55620.50580.97370.0033-0.0580.01320.02880.02640.0030.0393-0.051-0.03430.1730.0060.00420.15030.0260.167828.5709-4.211212.4767
60.86270.7486-0.21771.5981-0.25480.0723-0.2819-0.67810.1201-0.12310.27190.1018-0.35110.23960.05470.29430.09040.01780.3014-0.0580.240825.742818.527113.7442
72.1996-0.3263-0.73972.41730.91795.0870.1383-0.13890.3010.2929-0.0254-0.3601-0.6580.4134-0.13760.3495-0.0277-0.01170.1617-0.01140.251228.212320.29421.4431
80.76320.07350.00920.9076-0.28481.2288-0.0174-0.03870.03270.05170.0746-0.0059-0.0695-0.1354-0.04630.16170.0233-0.00330.17140.01040.159721.17424.82732.6984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:45)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 46:93)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 94:108)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 109:156)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 157:187)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 188:202)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 203:217)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 218:256)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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