+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i70 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of plasmepsin IV | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / plasmepsin / aspartic protease / malaria / cathepsin D like / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) Actinomyces (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Asojo, O.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of plasmepsin IV 著者: Asojo, O.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i70.cif.gz | 132.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5i70.ent.gz | 108.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i70.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5i70_validation.pdf.gz | 453.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5i70_full_validation.pdf.gz | 462.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5i70_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5i70_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i70 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36985.457 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 122-449 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 7G8) (マラリア病原虫) 株: isolate 7G8 / 遺伝子: PFBG_05102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7FF86 #2: タンパク質・ペプチド | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.10M sodium phosphate buffer (pH 5.5) and 60% (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→42.11 Å / Num. obs: 15066 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 10 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.116
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.088 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→19.97 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|