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万見
- PDB-5i6x: X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i6x
タイトルX-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with paroxetine at the central site
要素
  • (8B6 antibody, ...) x 2
  • Sodium-dependent serotonin transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / serotonergic synapse / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / sodium ion binding ...negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / serotonergic synapse / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / sodium ion binding / cellular response to cGMP / enteric nervous system development / negative regulation of organ growth / serotonin uptake / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin binding / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / conditioned place preference / vasoconstriction / brain morphogenesis / antiporter activity / neurotransmitter transport / syntaxin-1 binding / amino acid transport / nitric-oxide synthase binding / membrane depolarization / behavioral response to cocaine / social behavior / negative regulation of neuron differentiation / sodium ion transmembrane transport / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / response to nutrient / platelet aggregation / memory / response to toxic substance / circadian rhythm / actin filament binding / integrin binding / response to estradiol / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / response to hypoxia / endosome membrane / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / focal adhesion / synapse / positive regulation of gene expression / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, serotonin, N-terminal / Serotonin (5-HT) neurotransmitter transporter, N-terminus / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Sodium:neurotransmitter symporter, serotonin, N-terminal / Serotonin (5-HT) neurotransmitter transporter, N-terminus / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Paroxetine / CHOLESTEROL / Sodium-dependent serotonin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Coleman, J.A. / Green, E.M. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: X-ray structures and mechanism of the human serotonin transporter.
著者: Coleman, J.A. / Green, E.M. / Gouaux, E.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32020年3月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent serotonin transporter
B: 8B6 antibody, heavy chain
C: 8B6 antibody, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,82410
ポリマ－109,0963
非ポリマー1,7277
水181
1
A: Sodium-dependent serotonin transporter
ヘテロ分子

B: 8B6 antibody, heavy chain
C: 8B6 antibody, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,82410
ポリマ－109,0963
非ポリマー1,7277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area7020 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area40990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.150, 162.830, 140.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sodium-dependent serotonin transporter / SERT / 5HT transporter / 5HTT / Solute carrier family 6 member 4


分子量: 61689.766 Da / 分子数: 1 / 変異: Y110A, I291A, T439S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A4, HTT, SERT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31645

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 8B6 antibody, heavy chain


分子量: 23688.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 8B6 antibody, light chain


分子量: 23718.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#7: 化合物 ChemComp-8PR / Paroxetine / (3S,4R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-yloxy)methyl]-4-(4-fluorophenyl)piperidine / パロキセチン


分子量: 329.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20FNO3 / コメント: 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 25-125 mM KCl, 32.5-34% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→53.17 Å / Num. obs: 49873 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1261 / Net I/σ(I): 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(DEV_2000: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.14→53.17 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 31.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 2507 5.03 %
Rwork0.238 --
obs0.24 49873 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→53.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7526 0 104 1 7631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0228214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79810745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4152694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2171221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1401-3.20050.3891370.38662637X-RAY DIFFRACTION100
3.2005-3.26580.4441390.37972605X-RAY DIFFRACTION100
3.2658-3.33680.3931380.3862656X-RAY DIFFRACTION100
3.3368-3.41440.38191400.38152626X-RAY DIFFRACTION100
3.4144-3.49980.36921410.33012650X-RAY DIFFRACTION100
3.4998-3.59440.34751370.3312633X-RAY DIFFRACTION100
3.5944-3.70010.33451440.29452643X-RAY DIFFRACTION100
3.7001-3.81950.31421400.26632634X-RAY DIFFRACTION100
3.8195-3.9560.2811380.24872613X-RAY DIFFRACTION100
3.956-4.11430.3461380.23072632X-RAY DIFFRACTION100
4.1143-4.30150.22421360.20832650X-RAY DIFFRACTION100
4.3015-4.52820.22931420.19432641X-RAY DIFFRACTION100
4.5282-4.81170.24741360.1822615X-RAY DIFFRACTION100
4.8117-5.18290.20591430.18932656X-RAY DIFFRACTION100
5.1829-5.70390.29751380.21522613X-RAY DIFFRACTION100
5.7039-6.5280.30081420.2482647X-RAY DIFFRACTION100
6.528-8.21980.24351400.22932634X-RAY DIFFRACTION100
8.2198-53.17520.21441380.20672581X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.43133.42321.80067.77195.0116.8655-1.1697-0.57140.83550.27450.38450.9742-0.26710.63130.73870.72210.1591-0.11720.88450.08510.6385-54.7444-3.615653.0462
22.5522-2.41312.37459.7215-2.02062.49990.22781.09370.7061-1.8729-1.1987-1.78820.93831.77860.75511.43010.0126-0.01932.15330.48751.6455-23.93224.617545.5737
34.16051.40781.07192.81050.85195.36560.0251-0.6627-1.37240.45630.1851-1.36780.85262.9546-0.04271.10230.58910.10521.47440.25381.3396-44.7465-23.145653.6849
42.6477-1.03071.44382.66373.2746.9982-0.51750.2857-0.061-0.43740.0541-0.8861-0.78862.99640.44031.056-0.31-0.34622.63860.24961.6538-13.5314-2.35955.2694
52.19010.7314-0.72821.27290.48915.8833-0.46060.084-0.4911-0.2459-0.1307-0.27381.17561.18760.390.91850.52990.40361.02820.02661.1477-36.4148-22.26613.0028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN B AND RESID 21:138)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 139:237)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESID 22:124)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN C AND RESID 125:234)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 74:617)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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