PDB-5i5f: Salmonella global domain 191

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i5f

タイトル

Salmonella global domain 191

要素

Inner membrane protein YejM

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Salmonella 191-586

機能・相同性

: / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / plasma membrane / Inner membrane protein YejM

機能・相同性情報

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Dong, C. / Dong, H.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights into cardiolipin transfer from the Inner membrane to the outer membrane by PbgA in Gram-negative bacteria.
著者: Dong, H. / Zhang, Z. / Tang, X. / Huang, S. / Li, H. / Peng, B. / Dong, C.

履歴

登録	2016年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.2	2018年10月24日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i5f.cif.gz	596.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i5f.ent.gz	487.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/5i5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/5i5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i5dC 5i5hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i5d-3 3ur7-1 3g5a-3 6h4t-3 6s32-4 4z8d-1 2g8s-2 5i5d-2 6h4o-4 2vbd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inner membrane protein YejM

B: Inner membrane protein YejM

C: Inner membrane protein YejM

D: Inner membrane protein YejM

269 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inner membrane protein YejM

登録者が定義した集合体
67.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inner membrane protein YejM

登録者が定義した集合体
67.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Inner membrane protein YejM

登録者が定義した集合体
67.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Inner membrane protein YejM

登録者が定義した集合体
67.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.570, 195.880, 70.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 243 - 585 / Label seq-ID: 243 - 585

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Inner membrane protein YejM 分子量: 67196.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: yejM, STM2228 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40709
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-tris pH 6.5 and 25% PEG3350 / PH範囲: 6.2-6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 191 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→65.7 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.84→1.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.84→65.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 7.212 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.035 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24403	5005	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1653	-	-	-
obs	0.1692	97804	86.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.64 Å²	0 Å²	-34.88 Å²
2-	-	-28.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	44.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→65.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10724	0	0	960	11684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	10976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	10124
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.929	1.933	14940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.783	3	23156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.218	5	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.173	24.46	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.886	15	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.007	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	12724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.044	2.679	5416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.04	2.678	5415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.267	4.016	6756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.27	4.016	6757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.069	3.163	5560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.069	3.163	5561
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.28	4.56	8185
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.307	23.423	13493
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.175	23.154	13107
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.726	3	21100
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	39.191	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	20.638	5	21518

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	41174	0.08
1	2	B	41174	0.08
2	1	A	40850	0.09
2	2	C	40850	0.09
3	1	A	41234	0.08
3	2	D	41234	0.08
4	1	B	40986	0.09
4	2	C	40986	0.09
5	1	B	41224	0.08
5	2	D	41224	0.08
6	1	C	41948	0.06
6	2	D	41948	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	181	-
R_work	0.315	3565	-
obs	-	-	42.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0252	-0.0119	-0.0088	0.0274	-0.0137	0.0183	0.0018	0.0019	0.0041	0.0051	-0.001	0.0015	0.0003	-0.004	-0.0008	0.0755	0.0001	0.0485	0.119	0.0003	0.0314	71.6024	-31.1162	5.6979
2	0.0362	0.0009	-0.0288	0.1385	-0.0187	0.0263	0.0042	-0.0055	0.0084	0.0013	-0.0001	0.004	0.0023	-0.0034	-0.0042	0.0799	0.0011	0.0491	0.1288	-0.0002	0.031	94.0201	-31.0193	39.1989
3	0.0844	-0.0355	0.0354	0.059	0.0143	0.0375	-0.0017	0.0075	-0.0046	0.0053	0.0059	0.0044	-0.0036	0.0018	-0.0042	0.0843	-0.0014	0.0504	0.1175	-0.0014	0.0303	82.0483	-74.6748	-7.9151
4	0.03	-0.0362	0.0026	0.0724	-0.0314	0.0281	-0.0079	-0.0108	-0.0037	0.0131	0.0066	0.0026	-0.005	0.0033	0.0013	0.0882	-0.0032	0.0511	0.1192	-0.0016	0.0302	104.2429	-74.9278	27.1385
5	0.0039	0.0023	0.0006	0.0014	0.0004	0.0002	-0.0001	-0.004	0.0003	0.0021	-0.0006	0.0012	0.0024	0.0017	0.0007	0.0922	0.0007	0.0557	0.1319	-0.0003	0.0337	87.0623	-54.0483	13.8243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	243 - 585
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	243 - 585
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	243 - 585
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	243 - 585
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Z	1 - 961

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)