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- PDB-5i4m: Crystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i4m
タイトルCrystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family from Burkholderia vietnamiensis
要素Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Amidase / hydantoinase/carbamoylase family / Burkholderia thailandensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits ...Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family from Burkholderia vietnamiensis
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
B: Amidase, hydantoinase/carbamoylase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5678
ポリマ－92,9332
非ポリマー6346
水18,3751020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area27080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.460, 124.230, 77.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Amidase, hydantoinase/carbamoylase family


分子量: 46466.590 Da / 分子数: 2 / 断片: BuviA.12245.b.B2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア)
株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_5509 / プラスミド: BuviA.12245.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JQA0, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MCSG1 screen B10: 24% PEG 4000, 20% glycerol, 160mM MgCl2, 100mM Tris/HCl pH 8.5; BuviA.12245.b.B2.PS02523 at 18.3 mg/ml, + 3mM Alanine; cryo: direct; tray 267436b10, puck LWQ9-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.935 Å / Num. obs: 80654 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.33
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.850.5162.59199.9
1.85-1.90.4113.2199.9
1.9-1.950.3383.921100
1.95-2.010.2635.11199.9
2.01-2.080.2146.13199.8
2.08-2.150.1827.34199.9
2.15-2.230.1588.3199.9
2.23-2.320.1389.531100
2.32-2.430.12510.33199.8
2.43-2.550.10811.88199.9
2.55-2.680.09313.56199.8
2.68-2.850.07915.78199.8
2.85-3.040.06518.851100
3.04-3.290.05521.73199.9
3.29-3.60.04625.62199.9
3.6-4.020.04128.52199.6
4.02-4.650.03731.081100
4.65-5.690.03530.85199.8
5.69-8.050.03629.18199.7
8.05-500.02934.63198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PHENIXdev_2313精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wjb

4wjb


解像度: 1.8→47.935 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1712 1959 2.43 %
Rwork0.1385 --
obs0.1393 80600 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.01 Å2 / Biso mean: 16.793 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→47.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6166 0 26 1026 7218
Biso mean--13.45 28.78 -
残基数----827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8128854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6783884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.26971430.20945607X-RAY DIFFRACTION100
1.845-1.89490.24381270.18845619X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-1.95070.22421520.17085576X-RAY DIFFRACTION100
1.9507-2.01360.20911510.16195579X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.08560.20111310.15495647X-RAY DIFFRACTION100
2.0856-2.16910.2011390.14525598X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26780.17771350.14055627X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.38740.18341260.13885609X-RAY DIFFRACTION100
2.3874-2.5370.18021360.1385600X-RAY DIFFRACTION100
2.537-2.73280.17291420.1355619X-RAY DIFFRACTION100
2.7328-3.00780.18021340.13345625X-RAY DIFFRACTION100
3.0078-3.44290.13711400.12735638X-RAY DIFFRACTION100
3.4429-4.33730.13521600.11395620X-RAY DIFFRACTION100
4.3373-500.12861430.12045677X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2067-0.13450.3091.1293-0.28941.04710.02480.0951-0.1446-0.0351-0.0373-0.09430.07590.11230.02130.0555-0.00860.01190.0988-0.01390.102417.89413.1714.9866
20.3179-0.03640.11341.2143-0.1890.24550.0116-0.0365-0.06660.01460.02660.07820.0267-0.0657-0.04120.0601-0.01360.01440.09930.00510.06070.014912.800120.7568
30.9086-0.05980.35951.0789-0.14131.3842-0.08840.08330.2145-0.00010.0077-0.1808-0.10840.13360.05060.0788-0.0015-0.00850.109-0.00130.144616.772561.651114.8486
40.2924-0.04320.12961.0393-0.10430.3238-0.0653-0.05450.0770.18080.0520.0282-0.0896-0.09060.00860.09860.02920.00820.1118-0.01780.07690.281251.577123.3995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 195 )A12 - 195
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 196 through 425 )A196 - 425
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 13 through 195 )B13 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 196 through 425 )B196 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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