- PDB-5i4k: Metal ABC transporter from Listeria monocytogenes with manganese -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5i4k
タイトル
Metal ABC transporter from Listeria monocytogenes with manganese
要素
Manganese-binding lipoprotein MntA
キーワード
METAL BINDING PROTEIN / structural genomics / IDP02508 / Metal ABC transporter / manganese / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報
metal ion transport / cell adhesion / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
: / Adhesin B / Adhesion lipoprotein / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.79→32.4 Å / Num. obs: 25812 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/av σ(I): 19.165 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Diffraction-ID
% possible all
1.79-1.83
5.3
0.872
2.25
1
100
1.83-1.86
5.7
0.695
1
100
1.86-1.9
6
0.63
1
100
1.9-1.94
6
0.501
1
100
1.94-1.98
6
0.399
1
100
1.98-2.03
6
0.32
1
100
2.03-2.08
6
0.27
1
99.9
2.08-2.13
6
0.227
1
100
2.13-2.2
6
0.202
1
99.9
2.2-2.27
6
0.184
1
100
2.27-2.35
6
0.169
1
100
2.35-2.44
6
0.152
1
99.9
2.44-2.55
6
0.138
1
99.9
2.55-2.69
6
0.125
1
99.9
2.69-2.86
6
0.113
1
99.8
2.86-3.08
6
0.097
1
99.2
3.08-3.39
6
0.081
1
99.4
3.39-3.88
5.9
0.073
1
99
3.88-4.88
5.9
0.07
1
98.7
4.88-50
5.3
0.092
1
96.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-3000
データスケーリング
REFMAC
5.8.0073
精密化
PDB_EXTRACT
3.2
データ抽出
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.973 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.11 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED