+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i4j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Dps4 from Nostoc punctiforme in complex with Zn ions | ||||||
要素 | Ferritin, Dps family protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / ferritin like | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc punctiforme (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.394 Å | ||||||
データ登録者 | Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: On the trail of iron into Dps4 from N. punctiforme 著者: Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i4j.cif.gz | 290 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5i4j.ent.gz | 237.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i4j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5i4j_validation.pdf.gz | 448.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5i4j_full_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5i4j_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5i4j_validation.cif.gz | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5hjfS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20014.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 遺伝子: Npun_R5799 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J981 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-EPE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 % / 解説: Rod shaped |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% SOKALAN HP 66, 0.1M HEPES pH 7.0 and 0.2M NaOAc, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.39→48.09 Å / Num. obs: 32761 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 49.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 277574 | |||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HJF 解像度: 2.394→47.631 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.43
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.41 Å2 / Biso mean: 57.7653 Å2 / Biso min: 23.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.394→47.631 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|