PDB-5i47: Crystal structure of RimK domain protein ATP-grasp from Sphaeroba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i47

タイトル

Crystal structure of RimK domain protein ATP-grasp from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745

要素

RimK domain protein ATP-grasp

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / putative lysine biosynthesis enzyme / PSI-Biology

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosomal S6-glutamic acid ligase activity / SOS response / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Chang, C. / Duke, N. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RimK domain protein ATP-grasp from Sphaerobacter thermophilus DSM 20745
著者: Chang, C. / Duke, N. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2016年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i47.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i47.ent.gz	166.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i47_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i47_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	5i47_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	5i47_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5bnf-d 1nlv-d 4pkh-4 3c4z-d 5aqq-1 1nm1-d 3tdi-2 6i4l-d 3fzk-d 2fwr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100676

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RimK domain protein ATP-grasp

B: RimK domain protein ATP-grasp

ヘテロ分子

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.641, 64.819, 160.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RimK domain protein ATP-grasp 分子量: 29211.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア) 株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_0213 / プラスミド: pMCSG7 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D1C6B4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.77 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, Bis-Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 27874 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 0.879 / Net I/av σ(I): 25.559 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 191899

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	6	0.715	1338	0.83	0.305	0.779	0.832	96.4
2.39-2.43	6.2	0.592	1336	0.905	0.25	0.645	0.83	97.6
2.43-2.48	6.4	0.535	1351	0.917	0.225	0.582	0.862	98.1
2.48-2.53	6.6	0.491	1351	0.928	0.205	0.533	0.85	99.5
2.53-2.59	6.8	0.478	1390	0.941	0.197	0.518	0.842	100
2.59-2.65	7	0.466	1361	0.95	0.19	0.504	0.818	100
2.65-2.71	7.1	0.347	1409	0.976	0.141	0.375	0.855	100
2.71-2.79	7.1	0.305	1346	0.978	0.123	0.329	0.86	100
2.79-2.87	7.1	0.251	1392	0.987	0.102	0.271	0.903	100
2.87-2.96	7.2	0.188	1380	0.989	0.076	0.203	0.924	100
2.96-3.07	7.1	0.161	1388	0.99	0.065	0.174	0.916	100
3.07-3.19	7.1	0.126	1379	0.993	0.051	0.136	0.908	100
3.19-3.33	7.1	0.088	1409	0.996	0.036	0.095	0.91	100
3.33-3.51	7.2	0.074	1397	0.996	0.03	0.08	0.944	100
3.51-3.73	7.2	0.056	1388	0.997	0.022	0.061	0.933	100
3.73-4.02	7.1	0.043	1411	0.998	0.017	0.047	0.896	100
4.02-4.42	7.2	0.035	1419	0.999	0.014	0.038	0.902	100
4.42-5.06	7.1	0.032	1429	0.998	0.013	0.035	0.838	100
5.06-6.37	7	0.034	1463	0.998	0.014	0.036	0.704	100
6.37-50	6.2	0.036	1537	0.996	0.016	0.04	1.041	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

解像度: 2.35→41.196 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2386	1940	4.85 %
R_work	0.2009	38057	-
obs	0.2028	23363	76.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.28 Å² / B_iso mean: 43.0542 Å² / B_iso min: 8.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→41.196 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3786	0	6	118	3910
B_iso mean	-	-	52.87	33.33	-
残基数	-	-	-	-	522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.531	5253
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	648
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	691
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.375	2328

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3496-2.4084	0.3225	60	0.2203	1268	1328	35
2.4084-2.4735	0.2677	85	0.22	1528	1613	43
2.4735-2.5462	0.3337	79	0.227	1762	1841	49
2.5462-2.6284	0.2555	112	0.2471	1946	2058	55
2.6284-2.7223	0.2213	85	0.248	2210	2295	61
2.7223-2.8313	0.3101	126	0.2552	2453	2579	69
2.8313-2.9601	0.2456	134	0.2497	2724	2858	77
2.9601-3.1162	0.3172	122	0.2548	3177	3299	87
3.1162-3.3113	0.2904	134	0.2423	3323	3457	93
3.3113-3.5668	0.2908	193	0.2215	3485	3678	98
3.5668-3.9255	0.2301	157	0.1834	3617	3774	100
3.9255-4.493	0.2222	227	0.1558	3504	3731	100
4.493-5.6583	0.176	230	0.1579	3511	3741	100
5.6583-41.2021	0.2114	196	0.1781	3549	3745	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0394	0.0106	0.0069	0.0525	0.0181	0.0538	-0.033	0.1055	0.1027	-0.1336	-0.0621	-0.1115	-0.119	0.1296	-0.0339	0.1219	-0.0306	0.0021	0.1647	0.0275	0.1872	42.0926	34.811	32.4761
2	0.0188	0.0126	0.041	-0.0034	0.0012	0.056	0.035	0.1139	0.0186	-0.3735	-0.1741	0.4092	-0.1358	-0.1615	-0.1877	0.0239	0.115	-0.5408	0.2007	-0.034	0.1933	16.268	30.1524	23.982
3	0.0071	-0.0022	-0.0039	0.0235	0.0168	0.0081	0.0486	-0.0162	0.034	0.0912	-0.071	0.1683	-0.1682	-0.0487	0.0004	0.1596	0.0228	-0.042	0.1612	-0.0237	0.1857	22.4207	39.9864	39.9412
4	0.0428	-0.0757	0.0343	0.1478	-0.0791	0.0543	0.0977	0.0835	-0.0765	-0.5221	-0.0742	0.223	0.1119	-0.0836	0.0056	0.2933	0.0395	-0.2708	0.2027	-0.1422	0.1701	21.9013	8.8384	18.8244
5	0.0055	0.0153	-0.0023	0.0782	0.0297	0.0301	0.0472	0.068	0.0309	-0.1768	-0.0444	0.0013	-0.0322	0.0158	-0.0079	0.4548	0.0079	0.1249	0.3462	0.0255	0.2026	42.8574	24.4885	10.9696
6	0.0199	-0.0025	-0.0097	0.018	-0.0089	0.0187	0.0279	0.0767	-0.075	-0.1992	0.0329	-0.0788	0.0779	0.1066	0.0062	0.5342	0.1313	-0.0679	0.1922	-0.1802	0.1314	34.6531	-1.4206	13.5571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 71 )	A	2 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 184 )	A	72 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 185 through 274 )	A	185 - 274
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 111 )	B	2 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 112 through 168 )	B	112 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 169 through 274 )	B	169 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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