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- PDB-5i35: Structure of the Human mitochondrial kinase COQ8A R611K with AMPP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i35
タイトルStructure of the Human mitochondrial kinase COQ8A R611K with AMPPNP (Cerebellar Ataxia and Ubiquinone Deficiency Through Loss of Unorthodox Kinase Activity)
要素Atypical kinase ADCK3, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / mitochondrial protein / kinase / ubiquinone biosynthesis / ubib clade kinase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Mitochondrial Protein Partnership / MPP / ADCK3 / Coenzyme Q biosynthesis / ADCK3_HUMAN
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / phosphorylation / ADP binding / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / : / ABC1 atypical kinase-like domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Stefely, J.A. / Pagliarini, D.J. / Mitochondrial Protein Partnership (MPP)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM094622 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112057-02 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Cerebellar Ataxia and Coenzyme Q Deficiency through Loss of Unorthodox Kinase Activity.
著者: Stefely, J.A. / Licitra, F. / Laredj, L. / Reidenbach, A.G. / Kemmerer, Z.A. / Grangeray, A. / Jaeg-Ehret, T. / Minogue, C.E. / Ulbrich, A. / Hutchins, P.D. / Wilkerson, E.M. / Ruan, Z. / ...著者: Stefely, J.A. / Licitra, F. / Laredj, L. / Reidenbach, A.G. / Kemmerer, Z.A. / Grangeray, A. / Jaeg-Ehret, T. / Minogue, C.E. / Ulbrich, A. / Hutchins, P.D. / Wilkerson, E.M. / Ruan, Z. / Aydin, D. / Hebert, A.S. / Guo, X. / Freiberger, E.C. / Reutenauer, L. / Jochem, A. / Chergova, M. / Johnson, I.E. / Lohman, D.C. / Rush, M.J. / Kwiecien, N.W. / Singh, P.K. / Schlagowski, A.I. / Floyd, B.J. / Forsman, U. / Sindelar, P.J. / Westphall, M.S. / Pierrel, F. / Zoll, J. / Dal Peraro, M. / Kannan, N. / Bingman, C.A. / Coon, J.J. / Isope, P. / Puccio, H. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2016年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atypical kinase ADCK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4302
ポリマ－45,9231
非ポリマー5061
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.050, 59.120, 51.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Monomer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Atypical kinase ADCK3, mitochondrial / Chaperone activity of bc1 complex-like / Chaperone-ABC1-like / aarF domain-containing protein kinase 3


分子量: 45923.363 Da / 分子数: 1 / 変異: R611K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCK3, CABC1, PP265 / プラスミド: PVP68K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q8NI60, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: One part of ADCK3 R611K, 0.2 mM, AMPPNP 2 mM, MgCl2, 4mM, mixed with an equal volume of sodium polyacrylate 5100, 26%; magnesium chloride, 20 mM; HEPES, 100 mM, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19840 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.37 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 7.61 % / Rmerge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 18.075 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25887 1556 7.8 %RANDOM
Rwork0.18346 ---
obs0.18952 18275 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20.8 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3105 0 31 26 3162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1521.9914332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15537034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2085383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66923.648159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.30915526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8461526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6016.5861535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5986.5851534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6289.8611917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6289.8631918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3457.1041672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3447.1041673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7710.4512416
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.05952.3353474
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.05852.3293473
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 111 -
Rwork0.308 1324 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 50.9469 Å / Origin y: 36.1305 Å / Origin z: 18.7924 Å
111213212223313233
T0.0535 Å2-0.0046 Å20.0347 Å2-0.0274 Å2-0.0064 Å2--0.0651 Å2
L0.7755 °2-0.2354 °20.1214 °2-0.3956 °20.2083 °2--0.2599 °2
S0.0787 Å °0.0177 Å °-0.1058 Å °-0.0306 Å °0.0022 Å °0.0192 Å °-0.0408 Å °0.021 Å °-0.0809 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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