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万見
- PDB-5i2y: Crystal Structure of TPP1 K170A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i2y
タイトルCrystal Structure of TPP1 K170A
要素Adrenocortical dysplasia protein homolog
キーワードPROTEIN BINDING / OB fold
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere assembly / segmentation / urogenital system development / protection from non-homologous end joining at telomere / telomerase inhibitor activity / establishment of protein localization to telomere / regulation of establishment of protein localization to telomere / shelterin complex / Telomere C-strand synthesis initiation / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis ...telomere assembly / segmentation / urogenital system development / protection from non-homologous end joining at telomere / telomerase inhibitor activity / establishment of protein localization to telomere / regulation of establishment of protein localization to telomere / shelterin complex / Telomere C-strand synthesis initiation / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / nuclear telomere cap complex / telomere capping / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomerase holoenzyme complex / embryonic limb morphogenesis / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of telomere maintenance / Telomere Extension By Telomerase / telomere maintenance via telomerase / Packaging Of Telomere Ends / DNA polymerase binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere maintenance / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / skeletal system development / intracellular protein transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / chromosome, telomeric region / nuclear body / protein-containing complex binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #960 / Adrenocortical dysplasia protein / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adrenocortical dysplasia protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nandakumar, J. / Smith, E.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R00-CA-167644 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural and functional consequences of a disease mutation in the telomere protein TPP1.
著者: Bisht, K. / Smith, E.M. / Tesmer, V.M. / Nandakumar, J.
履歴
登録2016年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adrenocortical dysplasia protein homolog
B: Adrenocortical dysplasia protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0012
ポリマ－35,0012
非ポリマー00
水1,15364
1
A: Adrenocortical dysplasia protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5001
ポリマ－17,5001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adrenocortical dysplasia protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5001
ポリマ－17,5001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.197, 119.197, 171.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Adrenocortical dysplasia protein homolog / POT1 and TIN2-interacting protein


分子量: 17500.432 Da / 分子数: 2 / 断片: OB domain / 変異: alanine mutation of amino acid K170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACD, PIP1, PTOP, TINT1, TPP1 / プラスミド: pET-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96AP0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.7 M sodium formate, 100 mM Tris-Cl pH 7.0, 2% methanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12718 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年10月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→97.85 Å / Num. all: 12500 / Num. obs: 12500 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.229 / Rsym value: 0.211 / Net I/av σ(I): 3.032 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 82773
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3-3.166.60.5481.31100
3.16-3.356.60.3731.91100
3.35-3.596.60.2842.5199.9
3.59-3.876.60.2223.1199.6
3.87-4.246.60.1743.7199.5
4.24-4.746.60.1424.3198.8
4.74-5.486.70.1483.9198.1
5.48-6.716.70.1574197.3
6.71-9.496.50.1144.8195.9
9.49-84.2856.20.1044.3192.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I46

2i46


解像度: 3→97.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 13.511 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.613 / ESU R Free: 0.329
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 1261 10.1 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1979 11229 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.21 Å2 / Biso mean: 31.829 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20 Å20 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----2.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→97.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 0 0 64 2256
Biso mean---20.95 -
残基数----284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.9873027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.66534887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1555280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5923.868106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30815369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2271522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0443.2221132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0353.2181131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8074.8051408
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 92 -
Rwork0.281 817 -
all-909 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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