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万見
- PDB-5i2p: Resonance assignments and NMR structure determination of tarantul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i2p
タイトルResonance assignments and NMR structure determination of tarantula toxin- W7A mutant of mu-TRTX-Pre1a (W6A in native sequence numbering)
要素W7A mu-TRTX-Pre1a Toxin
キーワードTOXIN / Spider toxin / Voltage-gated sodium channel modulator / Inhibitor cystein knot / disulfide-rich
機能・相同性Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Beta/delta-theraphotoxin-Pre1a
機能・相同性情報
生物種Psalmopoeus (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chin, Y.K.-Y. / Wingerd, J.S. / Mobli, M. / Rash, L.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Resonance assignments and NMR structure determination of tarantula toxin- W7A mutant of mu-TRTX-Pre1a
著者: Wingerd, J.S. / Chin, Y.K.-Y. / Cristofori-Armstrong, B. / Mobli, M. / Rash, L.D.
履歴
登録2016年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: W7A mu-TRTX-Pre1a Toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2151
ポリマ－4,2151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド W7A mu-TRTX-Pre1a Toxin


分子量: 4214.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Psalmopeus reduncus / 由来: (組換発現) Psalmopoeus (クモ) / プラスミド: pLICC
詳細 (発現宿主): Periplasmic expression vector for expression of toxin with C-terminal His6 tagged MBP and a TEV cleavage site in between
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1S4NYE8*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic14D HCC(co)NH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: Best stereochemical properties judged by Molprobity

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] W7A-mu-TRTX-Pre1a, 10 mM sodium phosphate, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O
Label: CN labelled W7A pre1a / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMW7A-mu-TRTX-Pre1a[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
5 %D2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: condition1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 900 MHz / 詳細: nmr900

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNMRCCPNpeak picking
Rowland NMR ToolkitJeff Hoch解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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