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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i2h
タイトルCrystal structure of O-methyltransferase family 2 protein Plim_1147 from Planctomyces limnophilus DSM 3776 complex with Apigenin
要素O-methyltransferase family 2
キーワードTRANSFERASE / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / O-methyltransferase / Apigenin / Planctomyces limnophilus / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
Acetylserotonin O-methyltransferase, dimerisation domain / : / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGI / FORMIC ACID / O-methyltransferase family 2
類似検索 - 構成要素
生物種Planctopirus limnophila
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Chang, C. / Duke, N. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of O-methyltransferase family 2 protein Plim_1147 from Planctomyces limnophilus DSM 3776 complex with Apigenin.
著者: Chang, C. / Duke, N. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2016年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase family 2
B: O-methyltransferase family 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,07222
ポリマ-79,5432
非ポリマー1,52920
10,088560
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.516, 83.192, 119.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 O-methyltransferase family 2


分子量: 39771.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctopirus limnophila (strain ATCC 43296 / DSM 3776 / IFAM 1008 / 290) (バクテリア)
: ATCC 43296 / DSM 3776 / IFAM 1008 / 290 / 遺伝子: Plim_1147 / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D5STZ7
#2: 化合物 ChemComp-AGI / 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one / Apigenin / アピゲニン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C15H10O5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: magnesium formate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 95895 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 12.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.817 / Net I/av σ(I): 27.064 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 741546
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.585.90.60544590.8610.2640.6620.85894.6
1.58-1.616.40.57646980.8990.2420.6270.87698.6
1.61-1.647.10.52247830.9440.2090.5630.8799.9
1.64-1.677.70.47447640.9590.1810.5080.862100
1.67-1.717.90.41847540.9690.1570.4460.865100
1.71-1.7580.33247840.9760.1240.3550.88100
1.75-1.7980.26447400.9860.0980.2820.851100
1.79-1.848.10.21347950.9890.0790.2270.857100
1.84-1.898.10.16247850.9920.060.1730.848100
1.89-1.958.10.12847640.9940.0480.1360.866100
1.95-2.028.10.10147920.9950.0380.1080.817100
2.02-2.18.10.08247780.9970.0310.0880.796100
2.1-2.28.10.06848190.9970.0250.0730.76100
2.2-2.328.10.05948270.9970.0220.0630.742100
2.32-2.4680.05648190.9980.0210.060.737100
2.46-2.6580.05848250.9970.0220.0620.827100
2.65-2.927.90.0648480.9970.0230.0640.934100
2.92-3.347.80.0549020.9970.020.0530.809100
3.34-4.217.40.03949050.9980.0160.0420.56599.7
4.21-507.70.04150540.9980.0160.0440.73898.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.551→29.893 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 3628 2.21 %
Rwork0.1546 160317 -
obs0.1556 90358 88.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.25 Å2 / Biso mean: 19.0589 Å2 / Biso min: 4.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.551→29.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 108 560 5708
Biso mean--38.36 32.01 -
残基数----663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1247559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5623304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.551-1.57140.2569630.16593083314644
1.5714-1.59290.1904800.17333584366451
1.5929-1.61570.2093940.18273979407357
1.6157-1.63980.242970.18014424452164
1.6398-1.66540.21341200.18224890501070
1.6654-1.69270.24271120.17565226533876
1.6927-1.72190.23851310.17145641577281
1.7219-1.75320.23511320.1676034616686
1.7532-1.78690.2311390.16896264640390
1.7869-1.82340.19541490.16616536668594
1.8234-1.8630.23941550.16546697685296
1.863-1.90640.21111530.15736823697698
1.9064-1.9540.19441590.143569097068100
1.954-2.00680.21481600.142269997159100
2.0068-2.06590.17441560.143868997055100
2.0659-2.13260.19941560.146670087164100
2.1326-2.20870.20891580.140869507108100
2.2087-2.29720.19771540.136569177071100
2.2972-2.40170.19761550.143269387093100
2.4017-2.52820.18271600.145169987158100
2.5282-2.68650.19431520.151769367088100
2.6865-2.89380.18191560.160369577113100
2.8938-3.18470.22191600.169169537113100
3.1847-3.64490.19251600.159969467106100
3.6449-4.58950.16691640.137269257089100
4.5895-29.89870.18261530.16966801695498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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