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万見
- PDB-5i2d: Crystal structure of T. thermophilus TTHB099 class II transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i2d
タイトルCrystal structure of T. thermophilus TTHB099 class II transcription activation complex: TAP-RPo
要素
  • (DNA (72-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA (5'-R(*UP*CP*GP*A)-3')
  • RNA polymerase sigma factor SigA
  • Transcriptional regulator, Crp family
キーワードTRANSCRIPTION/DNA/RNA / Transcription / RNA polymerase / Catabolite activator protein / cAMP receptor protein / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RmlC-like jelly roll fold / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / Transcriptional regulator LdrP / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.405 Å
データ登録者Feng, Y. / Zhang, Y. / Ebright, R.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM041376 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis of transcription activation.
著者: Feng, Y. / Zhang, Y. / Ebright, R.H.
履歴
登録2016年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: Transcriptional regulator, Crp family
H: Transcriptional regulator, Crp family
I: DNA (72-MER)
J: DNA (72-MER)
K: RNA (5'-R(*UP*CP*GP*A)-3')
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
O: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
P: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
Q: RNA polymerase sigma factor SigA
R: Transcriptional regulator, Crp family
S: Transcriptional regulator, Crp family
T: DNA (72-MER)
U: DNA (72-MER)
V: RNA (5'-R(*UP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,047,02028
ポリマ－1,046,70922
非ポリマー3106
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: Transcriptional regulator, Crp family
H: Transcriptional regulator, Crp family
I: DNA (72-MER)
J: DNA (72-MER)
K: RNA (5'-R(*UP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,51014
ポリマ－523,35511
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area72170 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area169120 Å2
手法PISA
2
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
O: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
P: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
Q: RNA polymerase sigma factor SigA
R: Transcriptional regulator, Crp family
S: Transcriptional regulator, Crp family
T: DNA (72-MER)
U: DNA (72-MER)
V: RNA (5'-R(*UP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,51014
ポリマ－523,35511
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area71970 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area169120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.487, 105.446, 374.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABLMCNDOEP

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 2種, 6分子 FQGHRS

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 50769.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: sigA, TTHA0532 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SKW1
#6: タンパク質
Transcriptional regulator, Crp family


分子量: 24344.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHB099 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53W63

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ITJU

#7: DNA鎖 DNA (72-MER)


分子量: 22234.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#8: DNA鎖 DNA (72-MER)


分子量: 22341.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 KV

#9: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*GP*A)-3')


分子量: 1240.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.6, 0.1 M MgCl2, and 6% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→49.31 Å / Num. obs: 71660 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 8.182
反射 シェル解像度: 4.4→4.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G7H

4g7h


解像度: 4.405→49.31 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1794 2.5 %
Rwork0.2414 --
obs0.2425 71660 85.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.405→49.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数61280 5596 6 0 66882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00368624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66293906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.40526856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04810608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.4051-4.52410.38691020.33744110X-RAY DIFFRACTION67
4.5241-4.65710.30721300.31114682X-RAY DIFFRACTION76
4.6571-4.80730.36621230.29794928X-RAY DIFFRACTION79
4.8073-4.9790.27721330.27855087X-RAY DIFFRACTION83
4.979-5.17810.3181290.27855196X-RAY DIFFRACTION83
5.1781-5.41350.29881400.26415220X-RAY DIFFRACTION84
5.4135-5.69850.32891470.25715371X-RAY DIFFRACTION86
5.6985-6.0550.30871350.26735487X-RAY DIFFRACTION88
6.055-6.52150.33971420.26235615X-RAY DIFFRACTION90
6.5215-7.1760.34691460.25165842X-RAY DIFFRACTION93
7.176-8.21030.29441540.20816014X-RAY DIFFRACTION96
8.2103-10.32840.20751620.19636200X-RAY DIFFRACTION98
10.3284-49.31320.24641510.21736114X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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