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- PDB-5i2a: 1,2-propanediol Dehydration in Roseburia inulinivorans; Structura... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i2a
タイトル1,2-propanediol Dehydration in Roseburia inulinivorans; Structural Basis for Substrate and Enantiomer Selectivity
要素Diol-dehydratase
キーワードLYASE / diol dehydratase / glycyl radical enzymes / enzyme structure
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain ...: / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycerol dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Roseburia inulinivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者LaMattina, J.W. / Reitzer, P. / Kapoor, S. / Galzerani, F. / Koch, D.J. / Gouvea, I.E. / Lanzilotta, W.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: 1,2-Propanediol Dehydration in Roseburia inulinivorans: STRUCTURAL BASIS FOR SUBSTRATE AND ENANTIOMER SELECTIVITY.
著者: LaMattina, J.W. / Keul, N.D. / Reitzer, P. / Kapoor, S. / Galzerani, F. / Koch, D.J. / Gouvea, I.E. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2016年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diol-dehydratase
B: Diol-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,8849
ポリマ－188,2292
非ポリマー6557
水21,4561191
1
A: Diol-dehydratase
ヘテロ分子

A: Diol-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,99010
ポリマ－188,2292
非ポリマー7618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area4700 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area54890 Å2
手法PISA
2
B: Diol-dehydratase
ヘテロ分子

B: Diol-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,7788
ポリマ－188,2292
非ポリマー5496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area4150 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area55130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.206, 183.225, 228.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Diol-dehydratase / B12-independent or GRE-type dehydratase


分子量: 94114.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseburia inulinivorans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1A666
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.125 M sodium acetate, 42 % PEG 400 (w/v), and 0.025 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月15日
放射モノクロメーター: 0.98 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 168058 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1639精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.1→39.926 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1834 8337 5.02 %
Rwork0.1519 --
obs0.1535 165984 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.71 Å2 / Biso mean: 23.16 Å2 / Biso min: 8.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→39.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13083 0 43 1191 14317
Biso mean--32.22 27.45 -
残基数----1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01318256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9215021
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12390.25042070.21244574478186
2.1239-2.14890.22262600.19334816507692
2.1489-2.17510.22262850.18724953523894
2.1751-2.20260.22022390.18725174541397
2.2026-2.23160.21122960.18275151544799
2.2316-2.26220.22282650.17953025567100
2.2622-2.29450.23033010.180552515552100
2.2945-2.32870.2142820.169452545536100
2.3287-2.36510.21622940.162852455539100
2.3651-2.40390.18972860.157552815567100
2.4039-2.44530.22442950.154952645559100
2.4453-2.48980.19872800.156153145594100
2.4898-2.53770.20732740.156452495523100
2.5377-2.58940.20422620.158353265588100
2.5894-2.64570.1992950.15752645559100
2.6457-2.70730.17612710.163353045575100
2.7073-2.7750.19362770.156353065583100
2.775-2.850.18022610.160152965557100
2.85-2.93380.21222780.163853455623100
2.9338-3.02850.20112850.166652725557100
3.0285-3.13670.22492700.171353135583100
3.1367-3.26220.21563030.174553025605100
3.2622-3.41060.19462730.174953315604100
3.4106-3.59030.17062670.161353705637100
3.5903-3.81510.16642900.139553285618100
3.8151-4.10940.14313010.124353185619100
4.1094-4.52240.15452780.115253435621100
4.5224-5.17560.14112950.111653865681100
5.1756-6.51610.1482800.128454385718100
6.5161-39.93340.13552870.124455775864100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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