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- PDB-5i1b: A COMPARISON OF THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HUMAN AND MURIN... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5i1b
タイトルA COMPARISON OF THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HUMAN AND MURINE INTERLEUKIN-1B
要素INTERLEUKIN-1 BETA
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / negative regulation of adiponectin secretion / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / positive regulation of cell adhesion molecule production / regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / negative regulation of adiponectin secretion / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / positive regulation of cell adhesion molecule production / regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of complement activation / positive regulation of RNA biosynthetic process / cellular response to interleukin-17 / monocyte aggregation / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of fever generation / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / fever generation / regulation of establishment of endothelial barrier / CLEC7A/inflammasome pathway / Interleukin-1 processing / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / response to carbohydrate / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / Interleukin-10 signaling / response to ATP / regulation of insulin secretion / positive regulation of cell division / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Pyroptosis / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / JNK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of MAPK cascade / neutrophil chemotaxis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic nuclear division / astrocyte activation / embryo implantation / positive regulation of T cell proliferation / secretory granule / response to interleukin-1 / cytokine activity / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of JNK cascade / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / Interleukin-1 signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / protein domain specific binding / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ohlendorf, D.H. / Salemme, F.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A Comparison of the High Resolution Structures of Human and Murine Interleukin-1B
著者: Ohlendorf, D.H. / Treharne, A.C. / Weber, P.C. / Wendoloski, J.J. / Salemme, F.R. / Lischwe, M. / Newton, R.C.
履歴
登録1990年9月7日処理サイト: BNL
改定 1.01992年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET THE ARRANGEMENT OF THE STRANDS IN IL-1 MAKES A SHEET DESIGNATION MEANINGLESS. THE 12 STRANDS ...SHEET THE ARRANGEMENT OF THE STRANDS IN IL-1 MAKES A SHEET DESIGNATION MEANINGLESS. THE 12 STRANDS HAVE BEEN PRESENTED AS 12 SHEETS OF ONE STRAND EACH ON THE SHEET RECORDS BELOW. THE FIRST GROUP OF FOUR STRANDS ARE PART OF MOTIF A. THE SECOND GROUP OF FOUR STRANDS ARE PART OF MOTIF B. THE THIRD GROUP OF FOUR STRANDS ARE PART OF MOTIF C.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3961
ポリマ－17,3961
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.840, 54.840, 76.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Atom site foot note1: WATERS 201 AND 210, 202 AND 204 COORDINATE THE INTERSECTIONS OF THREE BETA STRANDS.
2: THE SIDE CHAINS OF RESIDUES GLN 14, LEU 69, AND SER 84 WERE MODELED IN TWO CONFORMATIONS OF EQUAL OCCUPANCY.
3: THE DENSITY OF RESIDUE VAL 40 IS CONSISTENT WITH ALL THREE ROTAMERS. IT IS MODELED IN THREE CONFORMATIONS OF EQUAL OCCUPANCY.
4: RESIDUE PRO 91 IS A CIS PROLINE.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.50478, -0.44759, 0.73815), (0.48778, 0.5576, 0.67168), (-0.71223, 0.6991, -0.06314)28.176, -1.533, 1.55
2given(-0.50478, 0.48778, -0.71223), (-0.44759, 0.5576, 0.6991), (0.73815, 0.67168, -0.06314)16.075, 12.382, -19.671

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 BETA


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01584
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MOLECULE CAN BE DIVIDED INTO THREE SIMILAR MOTIFS, (RESIDUES 1 - 55, RESIDUES 56 - 107, AND ...THE MOLECULE CAN BE DIVIDED INTO THREE SIMILAR MOTIFS, (RESIDUES 1 - 55, RESIDUES 56 - 107, AND RESIDUES 108 - 153). THESE MOTIFS ARE RELATED BY LOCAL THREE FOLD. MTRIX 1 ROTATES MOTIFS ABC ONTO BCA. MTRIX 2 ROTATES MOTIFS ABC ONTO CAB.
非ポリマーの詳細WATERS 201 AND 210, 202 AND 204 COORDINATE THE INTERSECTIONS OF THREE BETA STRANDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→5 Å / Rfactor obs: 0.173
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 0 100 1319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0350.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2660.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2010.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2380.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.210.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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