PDB-5i0c: Crystal structure of predicted acyltransferase YjdJ with acyl-CoA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i0c

タイトル

Crystal structure of predicted acyltransferase YjdJ with acyl-CoA N-acyltransferase domain from Escherichia coli str. K-12

要素

Uncharacterized protein YjdJ

キーワード

HYDROLASE / coenzyme A / GNAT / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Wolfe, A.J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of predicted acyltransferase YjdJ with acyl-CoA N-acyltransferase domain from Escherichia coli str. K-12
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Wolfe, A.J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i0c.cif.gz	55 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i0c.ent.gz	39.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3mx7-d 3fbl-d 5yj0-6 5o3j-d 3t5s-d 5m6n-2 1d8b-d 4lge-2 1luz-1 3oa1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP92641

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YjdJ

ヘテロ分子

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.690, 87.840, 41.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YjdJ 分子量: 10854.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: yjdJ, b4127, JW4088 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: P39274
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 5 mM Cobalt Chloride, 5 mM Magnesium Chloride, 0.5 mM Cadmium Chloride, 0.5 mM Nickel Chloride, 12 % (w/v) PEG3350, 25 Sucrose, 1 mM AcCoA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→30.19 Å / Num. obs: 7731 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.92→30.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.886 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26595	354	4.6 %	RANDOM
R_work	0.21551	-	-	-
obs	0.21782	7344	98.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.871 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.92→30.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	723	0	9	61	793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.019	737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.223	1.974	985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.18	3	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.739	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.668	24.474	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.694	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.283	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.147	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.386	2.998	354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.361	2.994	353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.514	4.481	439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.515	4.484	440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.401	3.267	383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.327	3.25	380
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.552	4.761	541
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.662	27.639	842
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.539	23.802	819
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	41.565	5	2

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.633	31	-
R_work	0.464	506	-
obs	-	-	96.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3538	-0.6654	1.8845	7.7941	9.0216	12.6044	-0.048	0.0805	0.0106	0.4698	0.153	-0.0546	0.5547	0.2326	-0.1049	0.1149	-0.0312	-0.0051	0.0417	0.0359	0.0776	41.6919	20.1545	30.9989
2	3.604	-1.4865	1.681	7.1415	-0.2301	2.5916	0.2143	-0.134	-0.4843	0.139	-0.06	0.3833	0.3025	0.0963	-0.1543	0.1585	-0.0053	-0.0383	0.0343	0.0384	0.1008	47.0098	19.9636	29.2168
3	12.6082	-10.0132	-2.6156	8.4584	3.6064	6.03	-0.3376	0.1226	0.529	0.2175	-0.0191	-0.257	-0.4342	0.1408	0.3567	0.1853	-0.0001	-0.0109	0.0214	0.027	0.1476	45.2832	34.5563	31.5338
4	4.9462	-2.1574	-5.3208	7.1218	-4.4073	13.048	0.0684	0.118	0.1185	-0.3291	-0.0608	-0.1696	0.2572	-0.1117	-0.0076	0.0473	0.0345	-0.046	0.0359	-0.0513	0.0944	54.2685	17.9038	19.2691
5	5.5692	-4.8901	-1.4804	6.707	4.6128	4.9522	0.0108	0.4525	-0.3455	-0.0795	-0.2237	0.4153	-0.0716	0.1041	0.2129	0.1582	-0.0108	-0.0204	0.0953	0.0493	0.1319	42.7152	24.9862	21.2076
6	12.198	1.5871	-2.5039	0.5591	-1.2313	2.8502	-0.041	0.2467	0.4191	0.0444	0.0822	0.0492	-0.0851	-0.1327	-0.0412	0.1637	0.0558	0.0113	0.0292	0.0306	0.1151	35.0008	35.17	28.8292
7	12.6439	2.0992	2.3166	3.2043	-1.7196	1.9783	-0.0797	0.0261	0.6512	-0.1926	-0.1618	-0.0444	0.0913	0.1533	0.2416	0.1626	-0.1072	0.0139	0.1096	0.022	0.0947	49.9476	34.5374	23.0669
8	8.9566	-2.5263	-4.8939	8.5707	3.6634	7.1834	0.2465	0.4833	0.1287	-0.384	-0.0628	-0.0708	-0.1854	-0.1293	-0.1837	0.2146	0.0078	-0.0131	0.0516	0.0453	0.0862	43.106	37.8415	18.517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	39 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	46 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	61 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	68 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	79 - 91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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