PDB-5hzz: Crystal structure of DR2231_E47A mutant in complex with dUMP and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hzz

タイトル

Crystal structure of DR2231_E47A mutant in complex with dUMP and manganese

要素

DR2231

キーワード

HYDROLASE / alpha helix

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside triphosphate diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Mota, C.S. / Goncalves, A.M.D. / de Sanctis, D.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Deinococcus radiodurans DR2231 is a two-metal-ion mechanism hydrolase with exclusive activity on dUTP.
著者: Mota, C.S. / Goncalves, A.M. / de Sanctis, D.

履歴

登録	2016年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hzz.cif.gz	246.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hzz.ent.gz	198.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hvaC 5hwuC 5hx1C 5hylC 5i0jC 5i0mC 2yfcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hyl-1 3g58-1 6cwx-d 6ftw-1 3ecm-d 6d4s-d 5ahl-d 3ecn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DR2231

B: DR2231

C: DR2231

D: DR2231

ヘテロ分子

65.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DR2231

C: DR2231

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: DR2231

D: DR2231

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.452, 77.893, 52.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	DR2231 分子量: 16195.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 遺伝子: DR_2231 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RS96
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.74 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: Lithium Acetate, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.939 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.801→43.59 Å / Num. all: 57527 / Num. obs: 57527 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.73 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.054 / R_sym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 12.481 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 213560

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.9	3.7	0.271	2.8	30604	8188	0.16	0.316	0.271	4.9	98
1.9-2.01	3.8	0.165	4.7	30050	7918	0.097	0.193	0.165	7.8	99.8
2.01-2.15	3.8	0.104	7.4	28017	7394	0.061	0.121	0.104	11.8	99.7
2.15-2.33	3.8	0.071	10.7	26054	6923	0.042	0.083	0.071	16.2	99.6
2.33-2.55	3.7	0.055	13.5	24082	6422	0.033	0.064	0.055	20.1	99.5
2.55-2.85	3.7	0.044	16.2	21618	5817	0.026	0.051	0.044	24.3	99.5
2.85-3.29	3.7	0.036	18.4	18800	5142	0.021	0.042	0.036	30	99.1
3.29-4.03	3.6	0.03	20.4	15467	4336	0.018	0.035	0.03	35.8	98.5
4.03-5.7	3.5	0.027	19.8	12157	3436	0.017	0.032	0.027	37.2	98.9
5.7-43.59	3.4	0.02	27.7	6711	1951	0.013	0.024	0.02	36.7	96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 2YFC

2yfc

解像度: 1.801→43.59 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2072	2917	5.08 %
R_work	0.1633	54540	-
obs	0.1655	57457	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.51 Å² / B_iso mean: 24.3282 Å² / B_iso min: 4.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→43.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4270	0	46	909	5225
B_iso mean	-	-	11.86	34.33	-
残基数	-	-	-	-	559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	6046
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	675
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.601	1658

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8013-1.8309	0.3296	126	0.274	2428	2554	94
1.8309-1.8624	0.2759	138	0.2267	2589	2727	100
1.8624-1.8963	0.2889	130	0.2026	2579	2709	99
1.8963-1.9328	0.2152	151	0.1874	2585	2736	100
1.9328-1.9722	0.2329	146	0.182	2548	2694	99
1.9722-2.0151	0.2611	135	0.1714	2605	2740	100
2.0151-2.062	0.208	141	0.1711	2567	2708	99
2.062-2.1135	0.1942	154	0.1595	2583	2737	100
2.1135-2.1707	0.1754	138	0.1541	2566	2704	99
2.1707-2.2346	0.198	131	0.1535	2597	2728	99
2.2346-2.3067	0.2459	131	0.1588	2601	2732	100
2.3067-2.3891	0.208	139	0.1563	2602	2741	99
2.3891-2.4848	0.2331	138	0.1682	2593	2731	100
2.4848-2.5978	0.2317	143	0.1677	2600	2743	99
2.5978-2.7348	0.2139	135	0.1691	2610	2745	99
2.7348-2.9061	0.2328	137	0.1626	2625	2762	99
2.9061-3.1304	0.2091	129	0.1586	2622	2751	99
3.1304-3.4453	0.2004	125	0.1519	2624	2749	99
3.4453-3.9436	0.1661	139	0.144	2621	2760	98
3.9436-4.9674	0.1592	156	0.1396	2650	2806	98
4.9674-43.6027	0.2081	155	0.1751	2745	2900	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0279	0.0184	0.0299	0.0076	0.0059	0.0118	0.0502	-0.0767	-0.1093	0.1103	-0.1199	-0.0935	-0.0185	0.0688	-0	0.1296	-0.025	-0.0261	0.1664	0.012	0.1013	-12.5071	-26.2136	-14.3002
2	0.3178	-0.0875	-0.0895	0.0338	-0.0294	0.1405	-0.0453	-0.1645	0.3397	0.0221	-0.0386	0.1007	-0.1144	0.0439	-0.0188	0.1459	-0.0568	-0.0253	0.0697	-0.0421	0.1758	-25.798	-11.201	-23.5274
3	0.2145	-0.1092	0.1384	0.0624	0.0939	0.191	0.0515	-0.0708	-0.0139	0.0035	-0.0528	-0.0043	0.0806	-0.0073	-0.0201	0.1146	-0.0302	-0.0347	0.0818	0.0089	0.0825	-28.5689	-25.9571	-27.2963
4	0.0156	-0.0062	0.0112	0.0159	0.0225	0.0557	0.0124	-0.0581	-0.0522	0.0807	-0.0319	-0.0228	-0.044	-0.0432	-0.0175	0.2017	-0.0831	-0.0468	0.1834	0.0552	0.1252	-24.9137	-37.7376	-9.68
5	0.011	0.0002	0.0015	0.0015	-0.0081	0.0007	-0.0113	0.0459	0.0083	-0.0235	0.0336	0.089	-0.0079	-0.13	0	0.0977	-0.0444	-0.0146	0.1731	-0.0024	0.1487	-69.5439	-28.9724	-6.4219
6	0.0052	-0.0017	0.0011	0.0025	-0.005	-0.0014	-0.012	0.0902	0.0097	-0.0734	-0.0533	0.0609	0.0703	-0.0307	0	0.1849	-0.0042	-0.0233	0.3329	0	0.2006	-64.2132	-27.7721	-18.8055
7	0.5218	0.118	-0.1843	0.1315	-0.027	0.2174	-0.2358	0.4316	0.4955	-0.0903	0.2546	-0.1027	-0.0616	-0.2568	0.0123	0.0828	0.1261	-0.0612	-0.0999	-0.0013	0.2405	-55.1057	-12.2278	-2.4468
8	0.0032	0.0038	0	0.006	0.0014	-0.0004	0.004	-0.0192	0.0199	0.0329	0.0151	-0.0242	-0.0016	-0.0247	0	0.4069	-0.0266	-0.0738	0.3983	-0.1676	0.2896	-55.3818	-10.0677	19.943
9	0.1344	0.0211	0.0294	0.0262	-0.0521	0.1062	-0.0172	-0.0576	0.0275	0.0165	0.0302	-0.0079	0.1005	-0.1889	-0.008	0.0891	-0.0083	-0.0289	0.1032	-0.0033	0.1184	-57.1311	-26.3241	-2.1687
10	0.0047	0.0019	0.008	0.0007	0.0017	0.0006	0.0141	-0.0823	-0.046	-0.0428	0.0275	-0.0234	-0.02	-0.0863	0.0009	0.0935	-0.0082	-0.0123	0.0554	0.0151	0.0958	-38.453	-27.6484	7.7991
11	0.0074	0.0019	0.0007	0.0064	-0.001	0.0018	0.0911	0.0252	-0.05	0.0137	0.044	-0.0309	0.0642	0.0745	0.0004	0.1229	-0.0158	-0.0276	0.0897	-0.0163	0.1246	-36.6957	-32.9201	3.1067
12	0.002	-0.0003	0.0013	0.0029	0.0027	0.0026	0.0013	0.0234	0.0014	-0.0237	0.0346	-0.0378	0.058	0.0229	0	0.1742	0.013	-0.0334	0.1281	-0.0329	0.134	-40.7915	-37.4648	-5.8737
13	0.0323	-0.0028	-0.0002	0.0136	0.0218	0.0306	-0.0206	0.108	-0.0346	-0.0019	-0.0346	-0.0432	0.0103	-0.1314	-0.0127	0.0643	-0.0681	-0.1364	0.1074	-0.1827	-0.0469	-53.806	-38.9061	-16.4924
14	-0.0027	-0.0039	-0.001	0.0008	0.0031	-0.0044	-0.0373	0.1483	-0.0714	0.045	0.0638	-0.0867	-0.0149	0.0431	0	0.1554	0.0188	-0.0107	0.1323	-0.0328	0.2644	-11.3742	-47.365	-35.7263
15	0.0391	0.0297	0.0251	0.0132	0.0064	0.0062	0.053	0.1316	-0.0065	-0.0523	-0.0332	-0.0072	0.1505	0.132	0.0004	0.1293	0.0183	-0.0325	0.1015	-0.0117	0.1011	-25.9225	-28.5975	-38.0332
16	0.1883	0.076	-0.0056	0.0629	0.0229	0.0149	0.0505	-0.155	0.1848	0.0477	-0.0148	0.0817	0.0513	-0.0213	0.0378	0.1058	-0.0285	-0.0011	0.1304	-0.0659	0.116	-32.9061	-19.324	-17.4055
17	0.2716	-0.0565	0.1531	0.1564	-0.1116	0.1958	0.1009	0.0465	0.0425	-0.1379	-0.1764	-0.1045	0.1025	0.1763	-0.0596	0.0074	-0.0598	-0.0309	0.0877	-0.001	0.0472	-15.617	-20.2669	-28.0766
18	-0.003	-0.0007	0.0026	0.0027	-0.009	-0.0071	-0.1061	-0.0061	-0.005	-0.0104	0.0777	0.0094	0.1215	0.0901	0	0.1832	-0.004	0.0082	0.1756	0.0163	0.1979	-62.1143	-47.1933	8.6958
19	0.0254	-0.0308	0.0244	0.0221	0.0141	0.0137	0.0393	-0.1903	-0.0192	0.0872	-0.0428	0.0303	0.1645	-0.17	-0.0076	0.1123	-0.0389	-0.0072	0.1347	0.0108	0.0919	-53.7151	-29.8873	11.6274
20	0.5262	-0.0933	-0.1361	0.0933	0.059	0.174	0.137	0.3104	0.362	-0.0375	-0.012	-0.0943	0.0128	-0.0497	0.1155	0.0591	-0.0398	-0.0302	0.0467	0.0526	0.1284	-47.074	-19.997	-8.9629
21	0.1874	-0.0066	0.1721	0.0941	-0.0012	0.072	-0.0243	-0.046	0.0396	0.0304	-0.0304	0.0452	0.0159	-0.1754	-0.0176	0.0714	0.0029	-0.0063	0.1546	-0.0227	0.1022	-64.5444	-22.1004	1.8637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 33 )	A	7 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 63 )	A	34 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 133 )	A	64 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 134 through 144 )	A	134 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 20 )	B	6 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 33 )	B	21 - 33
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 34 through 63 )	B	34 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 70 )	B	64 - 70
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 71 through 112 )	B	71 - 112
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 122 )	B	113 - 122
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 123 through 127 )	B	123 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 128 through 133 )	B	128 - 133
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 134 through 144 )	B	134 - 144
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid -4 through 9 )	C	-4 - 9
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 10 through 33 )	C	10 - 33
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 34 through 69 )	C	34 - 69
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 70 through 144 )	C	70 - 144
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid -4 through 9 )	D	-4 - 9
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 10 through 33 )	D	10 - 33
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 34 through 69 )	D	34 - 69
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 70 through 144 )	D	70 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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