PDB-5hwu: Crystal Structure of DR2231_E46A mutant in complex with dUMPNPP a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hwu

タイトル

Crystal Structure of DR2231_E46A mutant in complex with dUMPNPP and Manganese

要素

DR2231

キーワード

HYDROLASE / alpha helix

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside triphosphate diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mota, C.S. / Goncalves, A.M.D. / de Sanctis, D.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Deinococcus radiodurans DR2231 is a two-metal-ion mechanism hydrolase with exclusive activity on dUTP.
著者: Mota, C.S. / Goncalves, A.M. / de Sanctis, D.

履歴

登録	2016年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / entity / struct Item: _audit_author.name / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hwu.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hwu.ent.gz	94.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hvaC 5hx1C 5hylC 5hzzC 5i0jC 5i0mC 2yfcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yfc-1 5hx1-1 3kmg-2 5q13-1 6mn4-6 4fr3-d 2yfc-2 5mxo-d 3et3-d 2nom-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DR2231

B: DR2231

ヘテロ分子

30.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.263, 78.014, 141.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-339- HOH
2	1	A-355- HOH

#1: タンパク質	DR2231 分子量: 14974.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 遺伝子: DR_2231 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RS96
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 % / Mosaicity: 0.37 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: Lithium Acetate, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.939 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→41.521 Å / Num. obs: 17331 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.85 Å² / R_sym value: 0.104 / Net I/av σ(I): 7.13 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.21	3.5	0.636	1.2	1	100
2.21-2.35	3.5	0.431	1.8	1	99.9
2.35-2.51	3.5	0.317	2.5	1	99.8
2.51-2.71	3.5	0.244	3.2	1	99.9
2.71-2.97	3.5	0.155	5.1	1	99.9
2.97-3.32	3.5	0.097	8.1	1	100
3.32-3.83	3.4	0.058	12.9	1	99.6
3.83-4.7	3.3	0.042	16.9	1	99.6
4.7-6.64	3.3	0.042	16.3	1	99.3
6.64-41.521	3.2	0.025	22.4	1	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 2YFC

2yfc

解像度: 2.1→41.521 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 24.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	1640	5.04 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.2033	17302	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.27 Å² / B_iso mean: 32.5731 Å² / B_iso min: 13.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→41.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2050	0	37	156	2243
B_iso mean	-	-	24.13	38.82	-
残基数	-	-	-	-	268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2146
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.867	2901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.103	805

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1618	0.2842	127	0.2674	2585	2712	100
2.1618-2.2316	0.3561	135	0.2606	2619	2754	100
2.2316-2.3113	0.299	129	0.2458	2556	2685	100
2.3113-2.4039	0.2577	166	0.2308	2551	2717	99
2.4039-2.5132	0.3201	139	0.2141	2561	2700	100
2.5132-2.6457	0.2687	155	0.2204	2572	2727	100
2.6457-2.8115	0.2745	121	0.2062	2581	2702	100
2.8115-3.0285	0.2738	164	0.1938	2563	2727	100
3.0285-3.3331	0.2436	131	0.1891	2604	2735	99
3.3331-3.8151	0.2047	158	0.1677	2529	2687	99
3.8151-4.8055	0.1715	92	0.1688	2619	2711	99
4.8055-41.5294	0.2383	123	0.206	2569	2692	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1397	-0.1244	-0.066	0.2829	0.1296	0.274	-0.0384	-0.5847	-0.2097	0.1756	-0.0272	0.2455	0.1224	-0.1164	-0.0005	0.2798	0.0175	0.0375	0.3812	-0.0083	0.2687	0.9011	10.7315	-8.6664
2	1.686	-0.0581	-0.5787	0.6447	0.0916	0.7187	-0.0239	-0.1733	0.1029	0.0121	0.0428	-0.0235	-0.064	0.0132	0.0695	0.1977	-0.0154	0.0148	0.1378	-0.0368	0.2003	12.0179	17.8352	-20.628
3	0.7559	-0.9874	0.3793	1.76	-0.3659	0.2743	-0.0912	0.5421	-0.2718	-0.099	-0.0894	-0.3913	0.5038	-0.346	-0.2192	0.2865	-0.0324	0.0401	0.2958	-0.0848	0.2459	18.6596	5.8243	-38.1634
4	1.1235	-1.4109	0.9131	1.9821	-1.1297	0.7668	-0.5051	0.3136	-0.8816	0.0793	0.3292	0.4781	0.0202	-0.5185	0.3645	0.3567	-0.1296	0.126	0.2855	-0.1406	0.4635	-0.3976	-1.2472	-25.3652
5	0.3493	-0.2445	-0.4643	0.2247	0.2339	0.8746	-0.1575	-0.2326	-0.1011	0.1286	0.1247	-0.0764	0.2239	0.4214	0.0306	0.2464	0.0115	0.0207	0.2016	-0.0041	0.22	23.4147	6.3945	-21.548
6	0.705	-0.2677	-0.182	0.0437	0.1938	0.6066	-0.0876	0.6365	-0.024	-0.0247	0.0005	0.0066	-0.0713	-0.2234	-0.0112	0.2001	0.0069	-0.0006	0.1881	-0.0016	0.1894	6.5762	17.572	-29.6128
7	0.6945	-0.4619	-0.4761	0.4946	0.0089	0.6849	-0.0517	-0.0845	-0.0057	0.0283	-0.0025	0.0467	0.0475	-0.035	-0.0014	0.1756	-0.0089	0.0066	0.1996	-0.0404	0.1534	8.8653	12.9093	-17.9668
8	0.1672	0.0383	-0.0537	0.1544	0.052	0.5353	0.0736	-0.701	0.2106	0.0736	-0.0311	-0.0157	-0.3207	0.62	-0.7313	0.3815	-0.045	0.019	0.625	-0.1939	0.3604	19.5874	22.2202	-4.1373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 33 )	A	7 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 112 )	A	34 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 127 )	A	113 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 144 )	A	128 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 33 )	B	7 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 34 through 63 )	B	34 - 63
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 64 through 112 )	B	64 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 113 through 144 )	B	113 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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