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万見
- PDB-5hz8: FABP4_3 in complex with 6,8-Dichloro-4-phenyl-2-piperidin-1-yl-qu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hz8
タイトルFABP4_3 in complex with 6,8-Dichloro-4-phenyl-2-piperidin-1-yl-quinoline-3-carboxylic acid
要素Fatty acid-binding protein, adipocyte
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / PROTEIN BINDING / _REFMAC
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-65Z / Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Ehler, A. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2016
タイトル: Design and synthesis of selective, dual fatty acid binding protein 4 and 5 inhibitors.
著者: Kuhne, H. / Obst-Sander, U. / Kuhn, B. / Conte, A. / Ceccarelli, S.M. / Neidhart, W. / Rudolph, M.G. / Ottaviani, G. / Gasser, R. / So, S.S. / Li, S. / Zhang, X. / Gao, L. / Myers, M.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Refinement description
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7746
ポリマ－15,0601
非ポリマー7145
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area7240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.400, 55.768, 74.373
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty acid-binding protein 4


分子量: 15060.242 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 3-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物 ChemComp-65Z / 6,8-dichloro-4-phenyl-2-(piperidin-1-yl)quinoline-3-carboxylic acid


分子量: 401.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18Cl2N2O2
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→32 Å / Num. obs: 56631 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.81 % / Biso Wilson estimate: 15.086 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0405 / Rsym value: 0.0405 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.12-1.153.80.3863.1188.5
1.15-1.180.3284.51199.8
1.18-1.220.324.81199.8
1.22-1.250.285.55199.6
1.25-1.30.2247.02199.8
1.3-1.340.1888.39199.9
1.34-1.390.1719.44199.9
1.39-1.450.13511.54199.8
1.45-1.510.10415.42199.8
1.51-1.590.0819.561100
1.59-1.670.06423.2199.9
1.67-1.770.05427.06199.9
1.77-1.90.04135.39199.9
1.9-2.050.03541.63199.7
2.05-2.240.03345.41199.8
2.24-2.510.03146.35199.7
2.51-2.90.02853.49199.9
2.9-3.550.02656.4199.4
3.55-5.020.02555.76199.6
5.020.02458.29199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SADABSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
REFMAC5位相決定
精密化解像度: 1.12→31.96 Å / SU B: 1.017 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17088 2857 5.2 %
Rwork0.14353 --
obs0.14499 51978 95.98 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→31.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 43 259 1355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0221187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1472.0021608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32632007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9035157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64424.58348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68615231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.88157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.80436728
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.0935259
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.32451978

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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