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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hz2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PhaC1 from Ralstonia eutropha | ||||||
要素 | Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cupriavidus necator (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 単一同系置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biotechnol J / 年: 2017 タイトル: Crystal structure of Ralstonia eutropha polyhydroxyalkanoate synthase C-terminal domain and reaction mechanisms. 著者: Kim, J. / Kim, Y.J. / Choi, S.Y. / Lee, S.Y. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hz2.cif.gz | 93.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hz2.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hz2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5hz2_validation.pdf.gz | 446.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5hz2_full_validation.pdf.gz | 450.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5hz2_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5hz2_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hz2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43650.387 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP RESIDUES 202-589) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア) 株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: phbC, H16_A1437 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P23608, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium sulfate, HEPES |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40301 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/av σ(I): 52.17 / Net I/σ(I): 18.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単一同系置換 |
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Phasing dm | FOM : 0.68 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.57 / 反射: 29169 / Reflection acentric: 26571 / Reflection centric: 2598 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.477 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.91 Å2 / Biso mean: 30.381 Å2 / Biso min: 17.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
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