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- PDB-5hz2: Crystal structure of PhaC1 from Ralstonia eutropha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hz2
タイトルCrystal structure of PhaC1 from Ralstonia eutropha
要素Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase, N-terminal domain / Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I / : / Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase (PhaC) N-terminus / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase subunit PhaC
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 単一同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, J. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Biotechnol J / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Ralstonia eutropha polyhydroxyalkanoate synthase C-terminal domain and reaction mechanisms.
著者: Kim, J. / Kim, Y.J. / Choi, S.Y. / Lee, S.Y. / Kim, K.J.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,50710
ポリマ－43,6501
非ポリマー8579
水5,044280
1
A: Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase
ヘテロ分子

A: Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase
ヘテロ分子

A: Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase
ヘテロ分子

A: Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,02840
ポリマ－174,6024
非ポリマー3,42736
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area26870 Å2
ΔGint-522 kcal/mol
Surface area49070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.246, 87.856, 136.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase / PHB polymerase / PHB synthase / Poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase / PHA polymerase / Poly(3- ...PHB polymerase / PHB synthase / Poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase / PHA polymerase / Poly(3-hydroxybutyrate) polymerase / Polyhydroxyalkanoate synthase / PHA synthase


分子量: 43650.387 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP RESIDUES 202-589) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: phbC, H16_A1437 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23608, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium sulfate, HEPES

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 7A (6B, 6C1)10.9798
シンクロトロンPAL/PLS 7A (6B, 6C1)21.0072
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2701CCD2013年9月15日Rh coated Torroidal Mirror
ADSC QUANTUM 2702CCD2013年10月16日Rh coated Torroidal Mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal MonochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal MonochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
21.00721
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40301 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/av σ(I): 52.17 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.835.10.261193.5
1.83-1.865.60.245194.9
1.86-1.960.217195.2
1.9-1.946.70.194195.6
1.94-1.987.30.171196.8
1.98-2.037.80.158197.6
2.03-2.088.30.135198.3
2.08-2.138.70.122198.4
2.13-2.29.30.109198.5
2.2-2.279.80.099198.7
2.27-2.3510.10.087198.7
2.35-2.4410.60.081199
2.44-2.5511.10.071199.5
2.55-2.6911.60.068199.5
2.69-2.8611.80.061199.7
2.86-3.0812.50.057199.4
3.08-3.3912.90.051199.6
3.39-3.8813.30.046199.8
3.88-4.8813.40.043199.7
4.88-5012.40.045199.1

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換
Phasing dmFOM : 0.68 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.57 / 反射: 29169 / Reflection acentric: 26571 / Reflection centric: 2598

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.15モデル構築
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.477 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1896 2001 5 %RANDOM
Rwork0.1515 ---
obs0.1534 38300 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.91 Å2 / Biso mean: 30.381 Å2 / Biso min: 17.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å2-0 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 47 280 3340
Biso mean--56.38 37.88 -
残基数----388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9521.954306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19636686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2075387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99423.504137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37815448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6521518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1920.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6112.7661551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.62.7651550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5594.1351937
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 130 -
Rwork0.248 2688 -
all-2818 -
obs--93.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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