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- PDB-5hyo: X-Ray Structure of Unbound Porcine Epidemic Diarrhea Virus 3CLpro -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hyo
タイトルX-Ray Structure of Unbound Porcine Epidemic Diarrhea Virus 3CLpro
要素PEDV 3CLpro
キーワードVIRAL PROTEIN / PEDV / 3CLpro / Coronavirus / Mpro
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / transferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation ...RNA exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / viral genome replication / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / transferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Pectin lyase fold/virulence factor / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus ...Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Pectin lyase fold/virulence factor / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Trypsin-like serine proteases / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Thrombin, subunit H / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / 3C-like proteinase / 3C-like proteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.104 Å
データ登録者St John, S.E. / Mesecar, A.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI085089 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI26603 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: X-Ray Structure and Inhibition of 3C-like Protease from Porcine Epidemic Diarrhea Virus.
著者: St John, S.E. / Anson, B.J. / Mesecar, A.D.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEDV 3CLpro
B: PEDV 3CLpro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,11912
ポリマ－65,3842
非ポリマー73510
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.586, 76.292, 119.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PEDV 3CLpro / Polyprotein


分子量: 32691.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075EBR7, UniProt: U6BPB2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Isopropanol, PEG-3500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9878 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9878 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.466 Å / Num. obs: 31793 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 26.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.104→46.466 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 1946 6.68 %
Rwork0.2037 --
obs0.208 29146 91.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.104→46.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4590 0 48 183 4821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4116406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8371638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1036-2.15620.42851280.34131698X-RAY DIFFRACTION81
2.1562-2.21450.35671250.30771803X-RAY DIFFRACTION86
2.2145-2.27960.34971240.29021770X-RAY DIFFRACTION85
2.2796-2.35320.39271350.27571862X-RAY DIFFRACTION89
2.3532-2.43730.40691310.27251838X-RAY DIFFRACTION88
2.4373-2.53490.39681330.25191869X-RAY DIFFRACTION89
2.5349-2.65020.35031340.26591864X-RAY DIFFRACTION90
2.6502-2.78990.37171360.24161909X-RAY DIFFRACTION91
2.7899-2.96470.28261390.22671957X-RAY DIFFRACTION93
2.9647-3.19360.32321430.21671993X-RAY DIFFRACTION94
3.1936-3.51480.25431480.19282076X-RAY DIFFRACTION98
3.5148-4.02320.22361540.1692145X-RAY DIFFRACTION100
4.0232-5.06780.17911550.15012164X-RAY DIFFRACTION100
5.0678-46.47740.22891610.17312252X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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